Le conseil assure la cohérence des procédures d'évaluation mises en oeuvre dans les sections de l'agence. A ce titre, il précise, pour chaque section, le cadre, les objectifs, les critères et les modalités de déroulement de la procédure d'évaluation.
Il veille à ce que les critères et les procédures mis en oeuvre par l'agence prennent en compte la diversité de nature et de mission des structures et des formations évaluées ainsi que la diversité des champs disciplinaires conformément aux articles L. 112-1, L. 114-1 et L. 114-3-2 du code de la recherche et au chapitre III du livre Ier du code de l'éducation.
Il fixe également les conditions dans lesquelles sont réalisées les évaluations conduites à la demande des ministres compétents en matière d'enseignement supérieur et de recherche.

Les membres du conseil ainsi que son président sont nommés par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Les membres mentionnés au 2° de l'article L. 114-3-3 du code de la recherche sont choisis parmi les candidats proposés par les présidents ou directeurs des établissements publics d'enseignement supérieur, des établissements publics ayant une mission statutaire de recherche ainsi que des fondations d'utilité publique mentionnées à l'article L. 343-1 du code de la recherche qui réalisent des travaux de recherche. Chaque établissement ou organisme peut proposer un candidat. Les établissements et organismes employant plus de mille agents peuvent en proposer deux.
Les membres mentionnés au 3° de l'article L. 114-3-3 précité sont choisis parmi les candidats proposés par les instances d'évaluation mentionnées au premier alinéa de l'article L. 952-6 du code de l'éducation et à l'article L. 321-2 du code de la recherche et par les autres instances d'évaluation instituées dans les établissements publics ayant une mission statutaire de recherche et les fondations mentionnées à l'alinéa précédent.
L'instance d'évaluation de chaque établissement ou organisme, ainsi que la commission des titres d'ingénieurs et la commission d'évaluation des formations et diplômes de gestion, peuvent proposer un candidat. Les instances d'évaluation des établissements et des organismes employant plus de mille agents peuvent en proposer deux. Le Conseil national des universités ou le Comité national de la recherche scientifique peuvent proposer chacun trois noms.

Le mandat des membres du conseil est incompatible avec la fonction de président ou de directeur d'établissement ou d'organisme d'enseignement supérieur ou de recherche ainsi qu'avec la qualité de président de section du Conseil national des universités ou du Comité national de la recherche scientifique ou de toute autre instance d'évaluation mentionnée à l'article L. 321-2 du code de la recherche, ainsi que de membre du Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche et du Conseil supérieur de la recherche et de la technologie.
Les personnes exerçant l'une des fonctions mentionnées à l'alinéa précédent ne peuvent être nommées au conseil de l'agence que si elles cessent ces fonctions à compter de leur installation.

Les membres du conseil sont nommés pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
Lors de la constitution initiale du conseil, un tirage au sort désigne douze membres dont le premier mandat est porté à six ans.

Les membres du conseil de l'agence reçoivent une indemnité dont les conditions d'attribution sont fixées par décret.
Ils bénéficient du remboursement de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le conseil de l'agence délibère sur :
1° Une charte de l'évaluation définissant les mesures propres à garantir la qualité, la transparence et la publicité des procédures d'évaluation et de notation ;
2° La politique de coopération européenne et internationale ;
3° La désignation des directeurs de section sur proposition du président de l'agence ;
4° Un programme pluriannuel d'évaluation compatible avec les échéances des procédures de contractualisation des établissements avec l'Etat ;
5° La validation des avis des sections et des rapports de synthèse préparés par les sections au vu des rapports des comités d'évaluation ; le conseil peut confier la validation de ces avis et rapports à des formations spécialisées constituées en son sein pour chaque section et composées d'au moins cinq membres ;
6° Le rapport annuel prévu à l'article L. 114-3-7 du code de la recherche ;
7° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel contractuel de l'agence ;
8° Le règlement intérieur de l'agence.
Le conseil arrête, sur proposition du président, l'organisation et le règlement des services et sections de l'agence.

Les rapports de synthèse mentionnés au 5° de l'article 6 sont rendus publics par l'agence dans les conditions prévues à l'article L. 114-1-1 du code de la recherche.
Le rapport d'évaluation mentionné à l'article 13, la lettre de mission mentionnée à l'article 14 ainsi que les observations des structures évaluées font partie intégrante du rapport de synthèse.

Le conseil de l'agence se réunit en séance plénière sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement, quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.