Les opérations de fouilles archéologiques prescrites par le préfet de région ou, pour les opérations sous-marines, par le ministre chargé de la culture, sont réalisées sous la maîtrise d'ouvrage de l'aménageur.

Les opérations de fouilles peuvent être confiées à l'Institut national de recherches archéologiques préventives, à un service archéologique territorial agréé ou à toute autre personne de droit public ou privé titulaire de l'agrément prévu au chapitre IX du présent décret.

Si l'aménageur est une personne publique soumise au code des marchés publics, la passation du contrat de fouilles est soumise aux règles de passation des marchés de travaux fixées par ce code.
Si l'aménageur est une personne publique ou privée soumise à la loi du 3 janvier 1991 susvisée, la passation du contrat de fouilles est régie par les règles de passation des marchés de travaux fixées par le décret du 31 mars 1992 susvisé.

L'aménageur conclut avec l'opérateur un contrat qui définit le projet scientifique d'intervention et les conditions de sa mise en oeuvre. Ce projet détermine les modalités de la réalisation de la prescription, notamment les méthodes et techniques employées et les moyens humains et matériels prévus. Il est établi par l'opérateur sur la base du cahier des charges scientifique.
Le contrat précise :
1° La date prévisionnelle de début de l'opération de fouilles, sa durée et le prix de réalisation des fouilles ;
2° Les conditions et délais de la mise à disposition du terrain par l'aménageur et de l'intervention de l'opérateur ;
3° Les indemnités dues par l'une ou l'autre partie en cas de dépassement des délais convenus ;
4° La date de remise du rapport final d'opération.
Si l'aménageur est une personne publique soumise au code des marchés publics, le contrat contient en outre les mentions obligatoires prévues par ledit code.

Le contrat prévu à l'article 39, signé par les deux parties et accompagné du justificatif de l'agrément de l'opérateur, est transmis par l'aménageur au préfet de région. Cette transmission vaut demande de l'autorisation de fouille prévue au deuxième alinéa de l'article L. 523-9 du code du patrimoine.
Lorsque l'aménageur est une personne privée, la transmission est complétée par une déclaration sur l'honneur dûment datée et signée attestant que les conditions prévues à l'article 44 sont satisfaites.

Le préfet de région dispose d'un délai de deux mois à compter de la réception du dossier transmis pour délivrer l'autorisation de fouilles ou la refuser en cas de non-conformité du projet soumis au cahier des charges scientifique. L'absence de décision notifiée dans le délai précité vaut refus de l'autorisation.
En cas de refus, le préfet peut proposer à l'aménageur de lui présenter un projet amendé dans un délai et selon des modifications qu'il lui indique. Le préfet dispose alors d'un délai de quinze jours à compter de la nouvelle présentation du projet pour notifier sa décision. A défaut, la demande d'autorisation est réputée rejetée.
L'arrêté d'autorisation comporte le nom du responsable scientifique de la fouille, désigné par le préfet de région, sur proposition de l'opérateur.

Lorsque le déroulement des opérations fait apparaître la nécessité d'une modification substantielle du projet scientifique d'intervention, un projet révisé est soumis au préfet de région, qui dispose d'un délai de quinze jours pour l'approuver ou en demander la modification. A défaut de notification d'une décision dans ce délai, le projet révisé est réputé refusé.
En cas de découvertes survenues pendant l'opération conduisant à remettre en cause les résultats du diagnostic et les données scientifiques du cahier des charges, le préfet de région peut formuler des prescriptions complémentaires.
Les modifications et prescriptions complémentaires mentionnées aux alinéas précédents ne peuvent conduire à modifier l'économie générale du contrat mentionné à l'article 40.
En cas de découverte d'importance exceptionnelle, le préfet peut, par une décision motivée prise après avis de la commission territoriale de la recherche archéologique, prolonger la durée d'intervention et, le cas échéant, demander une modification du projet de construction ou d'aménagement. Le surcoût éventuel de la fouille archéologique induit par ces décisions peut être financé sur les crédits du Fonds national pour l'archéologie préventive.

Lorsque l'aménageur est une personne privée, il ne peut confier l'opération archéologique prescrite à un opérateur que lui-même ou un de ses actionnaires contrôle, directement ou indirectement.

Afin d'établir l'indépendance de l'opérateur à l'égard de l'aménageur avant la délivrance de l'autorisation de fouilles, le préfet de région peut demander communication des documents suivants :
a) Description de la composition du capital social ;
b) Répartition des droits de vote au conseil d'administration ou conseil de surveillance de l'opérateur ;
c) Compte de résultats certifié des trois exercices précédents et budget prévisionnel de l'exercice en cours précisant l'origine des recettes lorsqu'il ne s'agit pas des rémunérations perçues en contrepartie des opérations de fouilles préventives réalisées ;
d) Description des contributions matérielles ou des apports en main-d'oeuvre dont bénéficie l'opérateur de la part de tiers.

Dans le cas où aucun opérateur ne s'est porté candidat à la fouille ou ne remplit les conditions pour la réaliser, l'aménageur demande à l'Institut national de recherches archéologiques préventives d'y procéder en lui communiquant la prescription correspondante.
Dans les deux mois suivant la réception de la demande, l'Institut national de recherches archéologiques préventives adresse au demandeur un projet de contrat contenant les clauses prévues à l'article 40. Il est alors fait application des dispositions des articles 41 et 42.