Le préfet de région dispose d'un délai de deux mois à compter de la réception du dossier transmis pour délivrer l'autorisation de fouilles ou la refuser en cas de non-conformité du projet soumis au cahier des charges scientifique. L'absence de décision notifiée dans le délai précité vaut refus de l'autorisation.
En cas de refus, le préfet peut proposer à l'aménageur de lui présenter un projet amendé dans un délai et selon des modifications qu'il lui indique. Le préfet dispose alors d'un délai de quinze jours à compter de la nouvelle présentation du projet pour notifier sa décision. A défaut, la demande d'autorisation est réputée rejetée.
L'arrêté d'autorisation comporte le nom du responsable scientifique de la fouille, désigné par le préfet de région, sur proposition de l'opérateur.