Les collecteurs agréés sont astreints à tenir une comptabilité visant à dégager, à la clôture de chaque exercice, le résultat des opérations faites sur chaque céréale traitée. Cette comptabilité doit être présentée à toute demande des agents habilités à exercer le contrôle de ces opérations.

La comptabilité prévue à l'article R. 621-84 comporte au minimum :
1° Un livre-journal sur lequel sont enregistrées par ordre de date toutes les opérations. Ce livre-journal peut être remplacé par plusieurs journaux auxiliaires, dont un livre de caisse, chacun d'eux étant destiné à enregistrer des opérations de même nature ; dans ce cas, les totaux des journaux auxiliaires sont périodiquement et au moins à la fin de chaque mois, reportés à un journal centralisateur ;
2° Un grand livre destiné à répartir de façon analytique les opérations enregistrées par ordre de date sur le journal ;
3° Un livre d'inventaire sur lequel figure le détail des valeurs de toute nature, actives ou passives à la fin de chaque exercice ;
4° Un dossier des copies de la correspondance envoyée et de toute la correspondance reçue.

Les coopératives de céréales et leurs unions établissent mensuellement la balance des comptes généraux du grand livre en faisant apparaître pour les comptes agrégés l'ensemble des soldes débiteurs et l'ensemble des soldes créditeurs.
En fin d'exercice, après avoir groupé tous les comptes qui étaient destinés à enregistrer distinctement les recettes, dépenses et frais constituant le profit ou la perte correspondant aux opérations effectuées sur chaque céréale, les coopératives et leurs unions établissent leur bilan annuel.
Elles adressent au comité départemental des céréales en triple exemplaire, avant la fin de la période mensuelle qui suit la réunion de l'assemblée générale :
1° Le bilan, le compte général des pertes et profits et les comptes d'exploitation et de résultats ;
2° Les rapports du conseil d'administration et des commissaires aux comptes ;
3° Le procès-verbal de l'assemblée générale.

Le directeur général de l'Office national interprofessionnel des céréales porte à la connaissance des personnes et groupements mentionnés à l'article R. 621-84 toutes les instructions arrêtées par le conseil central de l'office national interprofessionnel des céréales concernant la tenue de la comptabilité relative aux opérations prévues par les articles L. 621-12 à L. 621-37.

Les déclarations mensuelles, mentionnées à l'article R. 621-90, d'entrées et de sorties de céréales doivent être établies conformément aux modèles réglementaires et parvenir aux services régionaux de l'Office national interprofessionnel des céréales dont le déclarant relève avant le 5 du mois suivant.
Ces bordereaux portent détail et total des stocks et des opérations de dépôts.

Les coopératives de céréales peuvent prévoir l'obligation pour leurs adhérents et usagers d'effectuer, par leur intermédiaire, la totalité des ventes de céréales destinées à la mouture et de procéder aux livraisons de ces céréales aux époques qu'elles ont fixées.

Les coopératives et les négociants en grains adressent régulièrement au service régional de l'Office national interprofessionnel des céréales des bordereaux mensuels portant détail et total de toutes les opérations d'entrée et de sortie des céréales avec désignation des vendeurs et des acheteurs.