Toute entreprise qui veut procéder à l'embouteillage d'une eau minérale naturelle pour la livrer au public doit obtenir une autorisation d'embouteillage délivrée par le préfet du département.
Le silence gardé pendant plus de trois mois sur la demande d'autorisation vaut décision implicite de rejet.
Seules peuvent être embouteillées comme eau minérale les eaux dont l'exploitation est autorisée en application de l'article L. 1322-1 et dont, le cas échéant, le traitement ou le transport à distance en canalisation est autorisé en application de l'article R. 1322-6.
L'autorisation d'embouteillage peut être délivrée même lorsque les autorisations déterminées à l'alinéa précédent sont en instance de renouvellement ou de modification.

Le préfet du département et son représentant, les agents de la direction des affaires sanitaires et sociales, de la direction régionale de l'industrie, de la recherche et de l'environnement et de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ainsi que tout agent de service public habilité spécialement par le ministre chargé de la santé ont accès aux lieux d'exploitation pour procéder aux opérations prévues dans leurs attributions ou dans leur mission.

Avant la délivrance de l'autorisation d'exploitation, il est procédé sous l'autorité du directeur des affaires sanitaires et sociales en présence d'un représentant du directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement au récolement des travaux d'installation.
En outre, deux analyses complètes portant l'une sur l'eau à embouteiller et l'autre sur l'eau en récipients emplis dans les installations à autoriser, et, le cas échéant, une analyse bactériologique portant sur l'eau de rinçage sont effectuées par l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments.

Un contrôle de la qualité de l'eau est assuré en cours d'exploitation au moins tous les deux mois sous l'autorité du directeur des affaires sanitaires et sociales ou de son représentant qualifié par le laboratoire chargé de la surveillance de la ou des sources dont l'eau alimente l'installation.

Les frais de contrôles prévus aux articles R. 1322-39 et R. 1322-40 sont à la charge de l'exploitant.
Le tarif des analyses de contrôle est fixé par arrêté du ministre chargé de la santé.

Sans préjudice des mesures d'urgence pouvant être prises par le préfet dans tous les cas où les qualités de l'eau prélevée, l'aménagement de l'installation ou les conditions d'exploitation de l'embouteillage ne correspondent pas aux prescriptions des textes en vigueur et si l'exploitant ne prend pas les mesures nécessaires pour remédier aux défectuosités constatées, l'autorisation peut être suspendue par arrêté du préfet, après avis du directeur des affaires sanitaires et sociales et du directeur régional de l'industrie, de la recherche et de l'environnement. L'exploitant est appelé au préalable à présenter ses observations.
Si la suspension n'est pas levée au bout d'un an, l'autorisation d'embouteillage peut être retirée.

Les entreprises d'embouteillage doivent remplir les conditions suivantes :
1° Les ateliers doivent être construits en matériaux durs, les sols revêtus d'un matériau imperméable et agencés pour permettre un écoulement des eaux facile et rapide ; l'atelier d'embouteillage doit être isolé, tant des locaux destinés à la réception et au triage des récipients, que des locaux destinés à l'emballage et à l'expédition des eaux ;
2° Les récipients doivent être en verre ou en matériaux autorisés par le ministre chargé de la santé après avis de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments ; le silence gardé pendant plus de six mois sur la demande d'autorisation de matériaux vaut décision de rejet ;
3° Les opérations de lavage, de remplissage et de bouchage doivent s'effectuer sans intervention manuelle intermédiaire ;
4° Les récipients doivent être lavés et désinfectés à moins que leur fabrication ne garantisse leur propreté et leur stérilité au moment du remplissage. A l'exclusion de ceux qui sont fabriqués en continu ou livrés stériles, les récipients doivent être rincés avec une eau potable et égouttés lorsque le dernier rinçage n'est pas fait avec l'eau à embouteiller. Les produits utilisés pour le lavage et la désinfection ainsi que les nouveaux modes de stérilisation des récipients doivent être autorisés par le ministre chargé de la santé après avis de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments. Les bouteilles doivent être mirées avant et après remplissage ;
5° L'obturation doit présenter toutes garanties d'étanchéité et de salubrité ;
6° Le cas échéant, les appareils destinés au dégazage et à la réincorporation des gaz doivent assurer la conservation du gaz sans altération, ni addition de gaz étranger aux sources autorisées. La teneur en gaz de l'eau minérale à l'embouteillage ne doit pas différer de plus de 10 % au plus ou de 25 % en moins de la quantité figurant dans l'autorisation de réincorporation du gaz prévue à l'article R. 1322-13.

Un arrêté du ministre chargé de la santé fixe :
- la forme de la demande d'autorisation et la composition du dossier à présenter à l'appui de la demande ;
- les modalités de contrôle de la qualité de l'eau.