Le laboratoire est administré par un conseil d'administration, assisté par un comité d'orientation scientifique. Il est dirigé par un directeur.

Le conseil d'administration comprend :
1° Sept représentants de l'Etat :
a) Deux membres désignés par le ministre chargé des sports, dont un directeur régional de la jeunesse et des sports ;
b) Trois membres désignés respectivement par le ministre de l'intérieur, le ministre chargé de la santé, le ministre chargé de la recherche ;
c) Le président de la Mission interministérielle de lutte contre les toxicomanies, ou son représentant ;
d) Le président du conseil de prévention et de lutte contre le dopage, ou son représentant ;
2° Cinq personnalités qualifiées nommées par le ministre chargé des sports, dont deux sur proposition du président du Comité national olympique et sportif français ;
3° Deux représentants du personnel élus selon les modalités fixées par arrêté du ministre chargé des sports.
Pour chacun des membres mentionnés aux a) et b) du 1° et au 3° , un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.

Les membres du conseil d'administration, à l'exception de ceux mentionnés aux c) et d) du 1° de l'article R. 3632-21, sont désignés pour une durée de trois ans renouvelable.
En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un nouveau membre est désigné dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.

Le président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre chargé des sports parmi les personnalités mentionnées au 2° de l'article R. 3632-21, pour une durée de trois ans renouvelable.

Les fonctions de président ou de membre du conseil d'administration n'ouvrent pas droit à rémunération. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour du président, du vice-président et des membres du conseil d'administration peuvent leur être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.
Le conseil est en outre convoqué à la demande du ministre chargé des sports ou de la majorité de ses membres.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de trois semaines. Il délibère alors valablement, quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur de l'établissement, le contrôleur financier, le secrétaire général et l'agent comptable, ainsi que toute personne dont l'audition est jugée utile par le président, assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° Les orientations de l'établissement et le programme général de recherche ;
2° Les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'établissement ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
5° Le règlement intérieur ;
6° Le rapport annuel d'activité et l'évaluation des travaux de recherche ;
7° La création de filiales, les prises, cessions ou extensions de participation dans des groupements ou des sociétés de droit privé ;
8° Les cessions ou concessions de droits de propriété intellectuelle ;
9° Les actions en justice et les transactions ;
10° L'acceptation des dons et legs ;
11° Les conventions et marchés.

Les délibérations portant sur les matières énumérées aux 3°, 7° et 8° de l'article R. 3632-26 sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, un mois après leur réception par le ministre chargé du budget et par le ministre chargé des sports, sauf si l'un d'eux a fait opposition dans ce délai.
Les autres délibérations du conseil d'administration ou les décisions du directeur agissant par délégation du conseil d'administration sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, un mois après leur réception par le ministre chargé des sports si celui-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai.
Le conseil d'administration peut donner délégation au directeur pour apporter au budget, avec l'accord du contrôleur financier, des modifications n'ayant pour objet ni d'augmenter les dépenses ni d'opérer des virements de crédits entre la section de fonctionnement et la section des dépenses en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel. Le directeur rend compte au conseil d'administration, lors de sa plus prochaine séance, des décisions prises dans le cadre de cette délégation.

Le directeur est nommé par arrêté du ministre chargé des sports.
Il assure la direction scientifique, administrative et financière de l'établissement. Il est assisté dans la gestion administrative et financière par un secrétaire général.
Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration et veille au bon fonctionnement de l'établissement.
Il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses.
Il prépare les projets de programmes de recherche avec le concours du comité d'orientation scientifique.
Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il passe tous actes, contrats ou marchés, y compris les conventions mentionnées au dernier alinéa de l'article R. 3632-19. Il procède à tous dépôts et acquisitions de droits de propriété intellectuelle.
Il a autorité sur l'ensemble des personnels.
Il peut déléguer sa signature au secrétaire général ainsi qu'aux autres agents titulaires de l'établissement appartenant à des corps de catégorie A.
Il peut recevoir délégation du conseil d'administration dans les matières énumérées aux 9° et 11° de l'article R. 3632-26. Il rend compte au conseil d'administration, lors de sa plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Le comité d'orientation scientifique comprend :
1° Neuf personnalités qualifiées nommées par le ministre chargé des sports dont :
a) Deux sur proposition du président du Comité national olympique et sportif français ;
b) Une sur proposition du président du conseil de prévention et de lutte contre le dopage ;
c) Une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
d) Une sur proposition du ministre chargé de la santé ;
2° Deux représentants des personnels scientifiques et techniques du laboratoire élus par ceux-ci selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé des sports.

Le mandat des membres du comité est d'une durée de trois ans renouvelable.
Le président du comité est désigné pour la même durée, parmi les membres de celui-ci, par arrêté du ministre chargé des sports.

Les dispositions de l'article R. 3632-24 sont applicables aux membres du comité.

Le comité se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président qui en fixe l'ordre du jour.
Les troisième et quatrième alinéas de l'article R. 3632-25 sont applicables au comité. Le directeur de l'établissement, ainsi que toute personne dont l'audition est jugée utile par le président, assiste aux séances du comité.

Le comité est consulté par le président du conseil d'administration ou par le directeur sur la politique de recherche de l'établissement en matière de contrôle contre le dopage. A cet effet, il donne son avis sur les orientations soumises au conseil d'administration et notamment sur le programme de recherche scientifique.
Il procède à l'évaluation des travaux scientifiques menés par l'établissement dans un rapport qui est annexé au rapport annuel d'activité.
Le conseil d'administration peut décider de transmettre à l'instance mentionnée à l'article L. 3612-1 les avis rendus par le comité d'orientation scientifique et toute information qu'il juge utile.