Un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, exerce le contrôle financier de l'établissement dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés du budget et des sports.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté des ministres chargés du budget et des sports.

Les ressources du laboratoire comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou contributions attribués par l'Etat, les établissements publics et par toutes autres personnes ;
2° Le produit des prestations de services mentionnées à l'article R. 3632-19 ;
3° Le produit de l'exploitation, de la cession ou de la concession des droits de propriété intellectuelle ;
4° Le produit des participations ;
5° Le produit de la gestion des biens de son patrimoine ;
6° Le produit des aliénations ;
7° Les dons et legs ;
8° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses du laboratoire comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement et d'équipement ;
3° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.