Le centre est administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil d'orientation. Il est dirigé par un directeur général.

Le conseil d'administration comprend dix-huit membres :
1° Six représentants de l'Etat ainsi désignés :
a) Quatre conjointement par le ministre chargé de l'éducation nationale et par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Un par le ministre chargé de la recherche ;
c) Un par le ministre chargé de la formation professionnelle ;
2° Six représentants du centre élus par les personnels de l'établissement et parmi eux, dont :
a) Trois représentants des personnels enseignants ;
b) Trois représentants des personnels administratifs et techniques.
3° Six personnalités qualifiées désignées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur, dont l'une sur proposition du ministre chargé des affaires étrangères.
Pour chacun des membres mentionnés aux 1° et 2°, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions que le titulaire.
Le directeur général, le secrétaire général, l'agent comptable, le membre du corps du contrôle général économique et financier ainsi que tout personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration, choisi parmi les membres du conseil d'administration désignés au titre du 3° de l'article 5, est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires du centre. Il délibère notamment sur :
1° Les orientations et l'organisation générale de l'établissement proposées par le directeur général ;
2° Le rapport annuel d'activité ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le compte financier et l'affectation du résultat de l'exercice ;
5° Le taux des redevances et rémunérations de toute nature dues au centre ;
6° Les dons et legs ;
7° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
8° Les prises, extensions et cessions de participations, les créations de filiales ou de tout autre organisme mentionné à l'article 3 ;
9° L'exercice des actions en justice et les transactions ;
10° L'approbation des concessions ;
11° Les emprunts ;
12° Les conditions générales de passation des marchés.
Il est consulté sur toute question qui lui est soumise par les ministres chargés de la tutelle du centre ou par le directeur général.
Dans les limites qu'il détermine, le conseil d'administration peut déléguer au directeur général les pouvoirs prévus aux 5°, 6°, 7° et 9°. Celui-ci lui rend compte lors de sa plus prochaine séance des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux 3°, 4°, 8° et 11° de l'article 7 sont exécutoires de plein droit, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, quinze jours après leur réception par le ministre chargé de l'éducation nationale et le ministre chargé de l'enseignement supérieur si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai.
Les décisions prises par le directeur général par délégation du conseil d'administration et prises en application du dernier alinéa de l'article 7 sont exécutoires dans les mêmes conditions.
Les délibérations relatives aux 8° et 11° du même article doivent, pour devenir exécutoires, faire l'objet d'une approbation expresse des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et du budget.
Les délibérations portant sur le budget ou ses modifications ainsi que sur le compte financier sont approuvées par les mêmes ministres dans les conditions fixées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président. Il peut être réuni à la demande conjointe des ministres chargés de la tutelle du centre ou du directeur général ou de la majorité des membres du conseil.
Le président fixe l'ordre du jour en accord avec le directeur général.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents. Si ce nombre n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il peut alors valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le directeur général est un recteur d'académie. Il assure la direction du centre. A ce titre :
1° Il conduit la politique générale de l'établissement dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration ;
2° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
3° Il prépare et exécute le budget ;
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
5° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
6° Il gère le personnel, donne un avis préalable à l'affectation à l'établissement des personnels fonctionnaires, nomme aux emplois pour lesquels aucune autre autorité n'a pouvoir de nomination et recrute les personnels contractuels. Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'établissement et l'affecte dans les différents services ;
7° Il conclut les conventions et marchés, sous réserve des dispositions de l'article 7.
Le directeur général est assisté d'un secrétaire général nommé sur sa proposition par les ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur. Il peut également se faire assister de directeurs adjoints qu'il nomme. Il peut nommer des ordonnateurs secondaires et fixer leurs attributions.
Il peut déléguer sa signature.
Il peut prendre, sous réserve de l'accord du membre du corps du contrôle général économique et financier et d'une ratification par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance, les décisions de modification du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres des dépenses de personnels et les chapitres des dépenses de matériel.

Le conseil d'orientation est composé de deux collèges.
I. - Le collège interne comprend douze membres, dont :
1° Neuf représentants élus des personnels du centre, parmi lesquels six représentants des personnels enseignants ;
2° Trois représentants des usagers du centre nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur sur proposition du directeur général.
Pour chaque titulaire, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.
II. - Le collège externe comprend douze membres nommés en raison de leurs compétences par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur sur proposition du directeur général, dont :
1° Six personnalités compétentes en matière d'éducation, d'enseignement supérieur ou de recherche publique ;
2° Trois personnalités du monde économique et social ;
3° Trois personnalités étrangères, dont deux au moins appartenant à un Etat membre de l'Union européenne.

Le président du conseil d'orientation est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur parmi les membres du collège externe.
Le conseil d'orientation se réunit au moins deux fois par an en séance plénière. Le collège externe se réunit au moins une fois par an en formation restreinte.
Le conseil d'orientation donne son avis sur toutes les questions relatives à la politique de l'établissement dont il est saisi par le conseil d'administration ou par le directeur général.
Il émet un avis sur le rapport d'activité du centre. Cet avis est transmis au conseil d'administration.
Le directeur général et les membres de la direction qu'il désigne en accord avec le président assistent aux séances plénières avec voix consultative.
Le président du conseil d'orientation peut inviter à participer aux réunions toute personne dont il juge la présence utile.

Les membres du conseil d'administration et du conseil d'orientation sont élus ou nommés pour une durée de trois ans renouvelable.
Le mandat des membres cesse lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
En cas de vacance de siège pour quelque cause que ce soit survenant plus de trois mois avant l'expiration du mandat, un remplaçant est désigné dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.

Les modalités d'élection des représentants du personnel au conseil d'administration et au conseil d'orientation sont fixées par arrêté des ministres chargés de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur.

Les membres du conseil d'administration et du conseil d'orientation exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour sont pris en charge dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Outre les services rattachés à la direction générale, le centre comprend des instituts, une école des métiers de l'enseignement à distance et des unités communes de services.
Les instituts et l'école des métiers de l'enseignement à distance sont créés et supprimés par le conseil d'administration sur proposition du directeur général après avis du conseil d'orientation.
Les unités communes de services sont créées par décision du directeur général et rattachées soit à la direction générale, soit à un ou plusieurs instituts.
Les directeurs des instituts et de l'école et les responsables des unités communes de services sont nommés par le directeur général.