Les agents ont droit, après service fait, à un traitement indiciaire calculé selon la valeur du point de la fonction publique en vigueur.
Ils bénéficient d'un déroulement de carrière dans leur grille indiciaire de rattachement, comme défini en annexe.
A ce traitement s'ajoutent l'indemnité de résidence et un complément individuel de rémunération (CIR) exprimé en pourcentage du traitement indiciaire de l'agent. Ce complément individuel de rémunération est fixé en respectant un taux plancher par catégorie :

- Catégorie A : 18 % ;
- Catégorie B : 17 % ;
- Catégorie C : 15 %.

Ce complément individuel de rémunération tient compte des fonctions exercées, de l'expertise et de la rareté des compétences.
Le cas échéant, peuvent s'ajouter le supplément familial de traitement et le remboursement partiel des frais de transport domicile-travail.

Le traitement indiciaire des agents positionnés dans le groupe A hors classe de la catégorie A est fixé par le président de la Commission nationale de l'informatique et des libertés.
A ce traitement s'ajoutent l'indemnité de résidence et un complément individuel de rémunération (CIR) exprimé en pourcentage du traitement indiciaire de l'agent, qui tient compte des fonctions exercées, de l'expertise et de la rareté des compétences.
Ces éléments de rémunération font l'objet d'un réexamen tous les deux ans, et peuvent donner lieu à une augmentation dans une fourchette allant de 0 à 3 %, à l'exception des agents relevant de l'article 28.
La rémunération globale d'un agent ne peut excéder la rémunération du président telle que prévue au 2e alinéa de l'article 1 du décret n° 99-487 susvisé.
Le cas échéant, peuvent s'ajouter le supplément familial de traitement et le remboursement partiel des frais de transport domicile-travail.

Une prime de performance collective annuelle peut être allouée aux agents. Elle vise à reconnaître et à valoriser l'investissement collectif et la mise en œuvre du plan stratégique de l'institution. Elle se présente sous la forme d'une prime d'un montant global annuel, versée au prorata temporis aux agents, en fonction de leur quotité annuelle de travail.
Peuvent y prétendre les agents ayant compté dans les effectifs au minimum trois mois au cours de l'année civile.
Cette prime est structurée en trois montants distincts :

- agent chargé d'encadrement supérieur ou ayant rang de directeur(rice) ou de directeur(rice) adjoint(e) : secrétaire général(e), secrétaire général(e) adjoint(e), directeur(rice)s et directeur(rice)s adjoint(e)s,
- agent chargé d'encadrement de proximité : chef(fe)s de service et chef(fe)s de service adjoint(e)s,
- agent non encadrant.

Une prime de performance individuelle annuelle peut être allouée aux agents en fonction de leur contribution personnelle établie au regard de l'entretien professionnel annuel prévu à l'article 17. Elle vise à reconnaitre la performance individuelle des agents.
La prime de performance est calculée par l'application d'un barème unique fixant un montant pour chaque niveau d'appréciation porté par le supérieur hiérarchique dans le support d'entretien professionnel annuel pour ce qui concerne la tenue de poste et l'atteinte des objectifs.
L'investissement particulier d'un agent au cours de l'exercice évalué, en tenant compte de la manière de servir et de la valeur professionnelle, peut faire l'objet de l'attribution d'un bonus de performance d'un montant forfaitaire unique.

Des indemnités de sujétions peuvent être allouées en fonction de contraintes ou de circonstances particulières :

- indemnité de contrôle : peut être versée aux agents dont la mission principale consiste à mener des missions de contrôles sur place,
- indemnité de blocage de site : peut être versée aux agents participant aux séances de travail relatives au contrôle du blocage administratif des sites,
- indemnité exceptionnelle : peut être versée aux agents ayant eu des contraintes ou des circonstances exceptionnelles dans l'exercice de leurs missions,
- indemnité d'astreinte et d'intervention : peut être versée aux agents placés dans le dispositif d'astreinte et de permanence.