L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et IIIdu décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaireet comptable publique sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252du 22 février 2002relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut aprèsavis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.