Le centre est soumis au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics à caractère administratif, notamment par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962, ainsi que par les dispositions des articles R. 811-95 et suivants du présent code.

Les recettes du centre comprennent notamment : les subventions de l'Etat, des collectivités publiques ou des personnes privées ; les revenus des biens, fonds et valeurs ; les dons et legs, le produit de la vente des publications ; les produits de l'aliénation des biens, fonds et valeurs ; le produit des emprunts ; la rémunération des services rendus et toutes ressources qu'il tire de son activité.

Les dépenses du centre comprennent les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes celles qui sont nécessaires à l'activité de l'établissement.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé des finances et du ministre de l'agriculture.