Le conseil d'orientation de l'Observatoire des distorsions se réunit sur convocation de son président au moins deux fois par an. Outre ces deux réunions annuelles, il peut également se réunir à la demande de son président ou de la majorité de ses membres.
Il approuve son règlement intérieur.
Il arrête le programme annuel de travail sur la base des saisines qui lui sont adressées. Il peut créer, en son sein, des groupes de travail spécifiques et temporaires.
Les membres du conseil d'orientation sont associés à la préparation des rapports de synthèse visés à l'article D. 691-1 du code rural et de la pêche maritime. Ces rapports reprennent notamment l'ensemble des positions qui se sont exprimées. Il sont soumis au conseil d'orientation de l'Observatoire des distorsions avant d'être rendus publics. Ils peuvent être adressés aux différents départements ministériels concernés.
Le conseil d'orientation de l'Observatoire des distorsions valide et transmet chaque année au ministre chargé de l'agriculture un rapport d'activité.