L'organe délibérant de l'office est, selon le cas, soit un conseil de direction, soit un conseil de direction plénier auquel sont adjoints des conseils de direction spécialisés par filière.
Les dispositions propres à chaque office fixent la composition de ces conseils.

Le président du conseil de direction ou du conseil de direction plénier est nommé par décret, sur proposition de ce conseil.
Le président de chaque conseil de direction spécialisé est nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, sur proposition de ce conseil.
La limite d'âge applicable aux fonctions de président de l'un des conseils de direction mentionnés ci-dessus est fixée à soixante-sept ans.
En cas de vacance du poste de président ou d'empêchement de celui-ci, la présidence du conseil est assurée par l'un des représentants du ministre chargé de l'agriculture.
Le mandat du président prend fin en même temps que celui des membres du conseil de direction.

Le mandat des membres des conseils de direction expire trois ans après la réunion d'installation du conseil. Il est renouvelable.
En cas de vacance d'un poste pour cause de décès, de démission, de perte par un membre d'un conseil de direction de la qualité au titre de laquelle il a été désigné ou de nomination d'un membre à la présidence du conseil de direction, un remplaçant est désigné. Son mandat expire en même temps que celui des autres membres du conseil dont il fait partie.
Les membres du conseil de direction et des conseils de direction spécialisés par filière doivent être de nationalité française ou de celle d'un des Etats membres de la Communauté européenne et jouir de leurs droits civils et politiques.
Tout membre d'un conseil de direction régulièrement convoqué qui n'a pas assisté à trois séances consécutives de ce conseil sans excuse reconnue légitime pourra être considéré comme démissionnaire.

Lorsqu'ils ne sont pas représentés au conseil de direction, au conseil de direction plénier ou à un conseil de direction spécialisé, le ministre chargé du commerce extérieur, le ministre chargé du commerce, le ministre chargé de la consommation et le ministre chargé de l'outre-mer, ou leur représentant, assistent de plein droit aux travaux de ce conseil avec voix consultative. Des personnalités qualifiées peuvent également être désignées par le ministre chargé de l'agriculture pour y siéger à titre permanent, avec voix consultative.
Le président du conseil de direction, celui du conseil de direction plénier ou celui de chaque conseil spécialisé peut appeler des experts à participer aux travaux de ce conseil pour une séance déterminée ou pour un point particulier de l'ordre du jour.

Les membres du conseil de direction, du conseil de direction plénier, des conseils de direction spécialisés et les présidents et les membres des comités exercent leurs fonctions à titre gratuit. Leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.
Les présidents de ces conseils perçoivent une indemnité de fonction dont le montant est fixé conjointement par les ministres chargés de l'agriculture et du budget.

Le conseil de direction ou le conseil de direction plénier se réunit, sur convocation de son président, au moins trois fois par an.
Les conseils de direction spécialisés se réunissent sur convocation de leur président.
La convocation du conseil de direction, du conseil de direction plénier ou d'un conseil de direction spécialisé est de droit si elle est demandée par la moitié des membres en exercice ou par l'un des ministres représentés au sein de ce conseil de direction.
Le directeur, le membre du corps du contrôle général économique et financier désigné auprès de l'office et l'agent comptable assistent de droit aux séances.

Tout membre du conseil de direction, du conseil de direction plénier ou d'un conseil de direction spécialisé peut se faire représenter par un autre membre. Chaque membre ne peut détenir qu'un seul mandat.
Le conseil de direction, le conseil de direction plénier et les conseils de direction spécialisés ne peuvent valablement délibérer que si plus de la moitié des membres sont présents ou représentés lors de l'ouverture de la réunion. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil de direction, le conseil de direction plénier ou le conseil de direction spécialisé est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours, sur le même ordre du jour. Il peut alors valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Chaque membre du conseil de direction, du conseil de direction plénier ou d'un conseil de direction spécialisé dispose d'une voix. Les délibérations sont acquises à la majorité des suffrages exprimés des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En cas d'urgence justifiée et sur décision de son président, le conseil de direction, le conseil de direction plénier ou le conseil de direction spécialisé peut se prononcer selon une procédure écrite. Dans ce cas, la délibération n'est valable que si les deux tiers au moins des membres en exercice ont pris part à la procédure. Celle-ci peut être organisée par voie électronique.

Tout membre du conseil de direction, du conseil de direction plénier ou d'un conseil de direction spécialisé peut se faire représenter par un autre membre. Chaque membre ne peut détenir qu'un seul mandat.
Le conseil de direction, le conseil de direction plénier et les conseils de direction spécialisés ne peuvent valablement délibérer que si plus de la moitié des membres sont présents ou représentés lors de l'ouverture de la réunion. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil de direction, le conseil de direction plénier ou le conseil de direction spécialisé est à nouveau convoqué dans un délai de quinze jours, sur le même ordre du jour. Il peut alors valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Chaque membre du conseil de direction, du conseil de direction plénier ou d'un conseil de direction spécialisé dispose d'une voix. Les délibérations sont acquises à la majorité des suffrages exprimés des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En cas d'urgence justifiée et sur décision de son président, le conseil de direction, le conseil de direction plénier ou le conseil de direction spécialisé peut se prononcer selon une procédure écrite. Dans ce cas, la délibération n'est valable que si les deux tiers au moins des membres en exercice ont pris part à la procédure. Celle-ci peut être organisée par voie électronique.

Le conseil de direction fixe son règlement intérieur, adopte l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et ses modifications, arrête le compte financier, examine le rapport annuel d'activité de l'office et se prononce sur le programme de travail annuel de l'établissement. Il est consulté pour avis sur les projets de transactions, sur la création de délégations régionales et sur les décisions relatives aux acquisitions et cessions patrimoniales mobilières et immobilières d'un montant supérieur à 1,5 million d'.
Il est consulté pour avis sur les projets de décisions prévues à l'article R. 621-21.
Le conseil de direction est chargé de suivre l'évolution de la situation des marchés et de participer à la politique d'orientation des productions et d'organisation de la filière dans le cadre des objectifs de la politique agricole commune et des orientations définies par le Conseil supérieur d'orientation de l'économie agricole et alimentaire ou par le Conseil supérieur d'orientation des politiques halieutique, aquacole et halioalimentaire.
Il est associé à l'élaboration des mesures prises en application de la réglementation communautaire.

Des comités peuvent être créés en tant que de besoin, au sein de l'office, par décision du directeur, après avis du conseil de direction ou du conseil de direction spécialisé compétent pour éclairer par leurs avis les travaux de ce conseil.
Le directeur fixe la composition et les modalités de fonctionnement de ces comités et en définit l'objet.

Dans le cas où l'office est doté d'un conseil de direction plénier et de conseils de direction spécialisés par filière, le conseil de direction plénier exerce les compétences prévues au premier alinéa de l'article R. 621-10.
Les conseils de direction spécialisés, chacun dans son domaine de compétence, exercent les compétences prévues aux trois derniers alinéas de l'article R. 621-10. Ils peuvent également être consultés, chacun dans son domaine de compétence, sur la répartition des crédits d'intervention économique.
Toutefois, le conseil de direction plénier est compétent, en tant que de besoin, pour l'examen des questions mentionnées au deuxième alinéa de l'article R. 621-10 et qui sont d'intérêt commun aux produits ou groupes de produits relevant du champ de compétence de l'office.

Le directeur de l'office est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'agriculture.
Le directeur de l'office :

• prépare les délibérations du conseil de direction, du conseil de direction plénier et des conseils de direction spécialisés et en assure l'exécution ;
• recrute les personnels, nomme aux emplois, gère les agents de l'office et a autorité sur l'ensemble des personnels ;
• détermine l'organisation interne de l'établissement, y compris la localisation de ses services ;
• représente l'office en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il engage les actions en justice et il en rend compte, au minimum une fois par an, au conseil de direction ou au conseil de direction plénier ;
• passe au nom de l'office les contrats et marchés et les actes d'acquisition et de vente ;
• est ordonnateur principal des recettes et des dépenses de l'office ;
• peut désigner des ordonnateurs secondaires et, sur proposition de l'agent comptable, des comptables secondaires ;
• engage les dépenses et liquide les droits et charges de l'office.

Il émet les ordres de recettes et de dépenses ;
- a la faculté de conclure des transactions, dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil, sous réserve de l'avis préalable du conseil de direction ou du conseil de direction plénier.
Il peut déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité.

Des délégations régionales de l'office peuvent concourir, dans leur zone de compétence territoriale, à la préparation et à la mise en oeuvre des actions de l'office.
Le directeur de l'office procède à leur création et détermine leur zone de compétence géographique après avis du conseil de direction ou du conseil de direction plénier.

Les délibérations du conseil de direction sur le règlement intérieur et le programme de travail annuel, ainsi que les décisions du directeur de l'office soumises à l'avis du conseil de direction sont exécutoires après leur approbation par le ministre chargé de l'agriculture. Cette approbation est donnée conjointement par les ministres chargés de l'agriculture, de l'économie, du budget ou, le cas échéant, de l'outre-mer, si l'un des représentants de ces ministres au conseil de direction le demande.
A défaut d'approbation expresse, ces décisions sont exécutoires à l'expiration d'un délai d'un mois suivant la date à laquelle le conseil a émis son avis, à moins que l'un des représentants des ministères de tutelle y fasse opposition pendant ce délai. Lorsque les représentants de l'Etat demandent par écrit des informations ou documents complémentaires, ce délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.