Les membres du conseil de direction, du conseil de direction plénier, des conseils de direction spécialisés et les présidents et les membres des comités exercent leurs fonctions à titre gratuit. Leurs frais de déplacement et de séjour sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Les présidents de ces conseils perçoivent une indemnité de fonction dont le montant est fixé conjointement par les ministres chargés de l'agriculture et du budget.