L'observatoire économique des prix des produits agricoles et alimentaires élabore un règlement intérieur définissant les modalités de son fonctionnement ; ce règlement intérieur prévoit notamment, en tant que de besoin, la création de groupes de travail spécialisés et la participation d'experts spécialisés.
Son secrétariat est assuré par la direction des politiques économique et internationale au ministère de l'agriculture.