Lors de la notification du procès-verbal de saisie du navire ou de l'embarcation, l'autorité ayant prononcé la saisie informe le contrevenant ou son préposé, et lorsqu'il y a lieu le commettant, de l'adresse du juge des libertés et de la détention compétent pour prononcer la mainlevée de la saisie par le dépôt d'un cautionnement.

L'autorité compétente pour opérer la saisie mentionnée à l'article L. 943-2 peut désigner un gardien de saisie pour la durée nécessaire au déroulement de la procédure et jusqu'à ce que les choses saisies aient reçu destination. Notification de cette désignation est faite au gardien. Le gardien désigné peut être le contrevenant, son préposé ou son commettant, le patron ou le propriétaire du navire ou de l'embarcation, le consignataire ou l'armateur ; ce peut être également, selon le cas, le fabricant, l'entrepositaire, le détenteur, le gestionnaire de la halle, le mareyeur, l'industriel, ou toute autre personne choisie par l'autorité compétente pour opérer la saisie.

Dans le cas où elle a désigné un gardien de saisie, l'autorité ayant prononcé la saisie en fait la mention dans la requête qu'elle adresse au juge des libertés et de la détention aux fins de confirmation de la saisie.

L'autorité qui a prononcé la saisie fixe l'endroit auquel le service qu'elle dirige met en dépôt les filets, engins, instruments de pêche prohibés en tout temps et en tous lieux ainsi que les filets, engins, matériels, équipements utilisés en plongée et en pêche sous-marines, ainsi que tous les instruments qui ont servi à pêcher en infraction. Ce dépôt peut être fait auprès d'un autre service administratif ou, à défaut, à titre onéreux aux frais du contrevenant, auprès d'une entreprise privée. Dans ce cas, une convention précise les modalités techniques et financières du dépôt, les conditions de gardiennage et les limites de la responsabilité qui en résultent.
Sauf dans le cas des filets, engins, instruments prohibés en tout temps et en tous lieux qui sont déposés jusqu'à ce que la décision judiciaire ordonnant leur destruction soit rendue, l'autorité ayant prononcé la saisie peut décider de ne mettre en dépôt que tels agrès, matériels mobiles ou pièces de machine pour lesquels elle estime cette mesure nécessaire. Elle doit alors constituer pour le surplus un gardien de la saisie dans les conditions prévues par l'article R. 943-2.
Les matières explosives ou toxiques appréhendées ou saisies sont remises à tout service spécialisé de l'Etat compétent pour les détenir, et le cas échéant les détruire. La destruction en est ordonnée par le tribunal. En cas de danger imminent, il y est procédé à la diligence de l'autorité mentionnée à l'article L. 943-2.

Lorsqu'une partie seulement des produits des pêches est susceptible de saisie, le tri est placé sous le contrôle de l'autorité désignée à l'article L. 943-2 et réalisé aux frais du contrevenant. En cas de refus de procéder à ce tri ou lorsqu'il n'est pas praticable en raison de la présence simultanée dans les mêmes lots de pêche de produits illicites et de produits autorisés, la saisie est opérée sur l'ensemble des lots.

L'autorité ayant prononcé la saisie décide de la destination des produits des pêches, et notamment de leur mise en vente lorsque celle-ci est possible. Elle fixe également les modalités de la vente.
Dans le cas où les produits des pêches saisis sont vivants et spécialement dans le cas où ils n'atteignent pas les dimensions imposées par la réglementation pour leur mise sur le marché, l'autorité ayant prononcé la saisie peut décider leur ré-immersion, soit en mer libre ou sur un cantonnement, soit dans les installations appropriées d'un établissement industriel, moyennant paiement aux frais du contrevenant.
Les sommes résultant de la vente ou de la remise à titre onéreux des produits des pêches effectuées sous le contrôle de l'autorité ayant prononcé la saisie ainsi que celles saisies en application de l'article L. 943-8 sont déposées par l'autorité ayant prononcé la saisie auprès d'un comptable public de l'Etat.

Lorsqu'elle est ordonnée conformément au premier alinéa de l'article L. 943-7, la destruction des filets, engins et instruments de pêche prohibés en tout temps et en tous lieux est assurée par l'autorité désignée à l'article L. 943-2 ou par tout autre service ou personne désigné à cet effet par cette autorité.

La mise en vente des filets, engins, matériels, équipements et instruments utilisés en plongée et en pêche sous-marines, lorsqu'elle est ordonnée conformément au deuxième alinéa de l'article L. 943-7, est assurée par l'autorité ayant opéré la saisie, aux enchères publiques et en présence du comptable public de l'Etat, qui en encaisse le prix. Les sommes ainsi obtenues, déduction faite des frais, sont acquises au Trésor.
La remise des filets, engins, matériels, équipements et instruments aux établissements de formation professionnelle maritime, lorsqu'elle est ordonnée conformément au deuxième alinéa de l'article L. 943-7, est assurée par l'autorité ayant opéré la saisie.
Les sommes résultant de la vente ou de la remise à titre onéreux des produits des pêches effectuées sous le contrôle de l'autorité ayant opéré la saisie, ou les sommes provenant de la vente réalisée par le contrevenant dont la confiscation est ordonnée conformément au deuxième alinéa de l'article L. 943-7 sont acquises au Trésor.

En cas de relaxe ou d'abandon des poursuites, les filets, engins, matériels, équipements et instruments, ainsi que les sommes saisies en application des articles L. 943-8 et R. 943-6, ou les titres de paiement correspondants, sont restitués aux intéressés. Les frais impayés restent en ce cas à la charge de l'Etat.