La direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt de Mayotte instruit les demandes d'indemnités compensatoires.

La date limite de dépôt des demandes est fixée par arrêté préfectoral, au plus tard au 31 août de l'année au titre de laquelle les indemnités sont demandées.

Dans le cadre de l'enveloppe budgétaire annuelle qui lui est allouée, le préfet de Mayotte accorde le bénéfice des indemnités et en arrête le montant.

La liquidation et le paiement des indemnités sont assurés par l'Agence de services et de paiement.