Selon le cas, l'organisme auquel a été confiée la gestion, ou l'Agence de services et de paiement, ou le président du conseil régional, fixe le montant de la rémunération à servir pendant la durée du stage et notifie sa décision au stagiaire.

Lorsqu'il s'agit de stages agréés par l'Etat et que la gestion de la rémunération est assurée par l'opérateur France Travail ou par l' établissement mentionné à l'article L. 5315-1 du code du travail, le préfet, saisi par l'établissement ou l'association :

1° Prononce les décisions de rejet relatives à la prise en charge ;

2° Prend les décisions relatives aux demandes qui lui sont soumises ;

3° Statue sur les cas dans lesquels la décision de l'établissement ou de l'association a été contestée par le stagiaire.

Pour l'application des dispositions de l'article R. 6341-37, le préfet compétent est :
1° Soit celui du département du siège de l'institution chargée de la gestion de la rémunération ;
2° Soit celui du département dans lequel est implanté le centre de l'établissement mentionné à l'article L. 5315-1 du code du travail qui dispense le stage, en ce qui concerne les stagiaires qu'elle est chargée de rémunérer.

Les rémunérations des stagiaires, lorsqu'elles sont à la charge de l'Etat, sont payées, selon le cas, par l'organisme auquel a été confiée la gestion ou par l'Agence de services et de paiement.

Les rémunérations dues aux stagiaires à plein temps sont payées mensuellement et à terme échu.
Dès la fin du premier mois de stage ouvrant droit à rémunération à la charge de l'Etat, ces stagiaires perçoivent au moins un acompte dont le montant est fixé par décret.

Lorsque la rémunération des stagiaires est déterminée par décret en application des articles L. 6341-7 et L. 6341-8, le paiement de l'acompte peut être opéré, par l'organisme ou l'établissement mentionnés à l'article R. 6341-39, avant notification au stagiaire de la décision prévue à l'article R. 6341-36.

La liquidation et le paiement des sommes dues aux stagiaires à l'issue d'un stage à titre de solde des rémunérations et, le cas échéant, des indemnités compensatrices de congés payés, sont réalisés dans les mêmes conditions que la liquidation et le paiement des rémunérations.

Par dérogation aux dispositions des articles R. 6341-39 à R. 6341-42, le paiement des rémunérations à la charge de l'Etat peut être réalisé par les établissements ou centres de formation lorsque ceux-ci sont soumis au contrôle administratif et financier de l'Etat.
Des conventions conclues entre ces organismes, le ministre de l'économie et des finances et le ministre intéressé fixent les modalités d'application du présent article.

La fraction de la rémunération à rembourser à l'employeur qui maintient le salaire des salariés qui suivent des stages agréés ainsi que les cotisations de sécurité sociale relatives à cette fraction sont liquidées, en application du 1° de l'article L. 6341-2, sur demande de l'employeur, selon le cas par :

1° Le préfet du département du lieu du stage ;

2° Le président du conseil régional ;

3° Le directeur l'Agence de services et de paiement, lorsqu'il s'agit de stages relevant du ministre de l'agriculture ou faisant l'objet d'une convention conclue au nom de l'Etat par ce ministre.

Les rémunérations versées aux stagiaires et les rémunérations remboursées aux employeurs ainsi que, le cas échéant, les sommes payées au titre des cotisations de sécurité sociale afférentes à ces rémunérations, font l'objet de retenues proportionnelles à la durée des absences non justifiées aux séances de formation.

Les manquements non justifiés à l'obligation d'assiduité déterminée dans les conditions prévues au 2° de l'article R. 6341-13 et les absences non justifiées aux séquences de formation en centre, dans le cas des formations ouvertes, font l'objet des retenues proportionnelles prévues à l'article R. 6341-45.
Les absences non justifiées aux séquences d'évaluation pédagogique en centre donnent lieu au reversement de la rémunération perçue depuis la dernière séquence, ou à retenue de la rémunération due depuis celle-ci.

Lorsque le stagiaire abandonne sans motif légitime le stage ou fait l'objet d'un renvoi pour faute lourde, les rémunérations perçues par les stagiaires et les rémunérations qui ont été remboursées aux employeurs ainsi que, le cas échéant, les sommes versées au titre des cotisations de sécurité sociale afférentes à ces rémunérations sont reversées en totalité à l'Etat ou, selon le cas, à la région.

Le recouvrement des sommes indûment versées est opéré, suivant le cas, soit par le préfet lorsque le reversement n'a pu être obtenu par l'organisme auquel a été confiée la gestion de la rémunération, soit par l'Agence de services et de paiement, soit par le président du conseil régional.

A titre exceptionnel, une remise partielle ou totale de dette peut être accordée, suivant le cas, par le préfet, par l'Agence de services et de paiement ou par le président du conseil régional.

Pour l'application de ces dispositions, le préfet compétent est celui mentionné à l'article R. 6341-38.