Chaque commission spécialisée est présidée par un membre du Conseil supérieur, choisi parmi les personnes désignées en raison de leur compétence.
Chaque commission comprend cinq représentants des salariés et cinq représentants des employeurs, membres titulaires ou suppléants du Conseil supérieur, nommés sur proposition des organisations intéressées. Elle comprend en outre des représentants des administrations et des organismes nationaux ainsi que des personnes désignées, en raison de leur compétence, parmi les membres siégeant au Conseil supérieur au titre du 4° de l'article R. 4641-6.
Le président et les membres des commissions spécialisées sont nommés par arrêté du ministre chargé du travail.