L'opérateur ou le titulaire de l'autorisation de l'opération programmée remet au préfet de région le rapport d'opération, élaboré à l'issue de l'analyse et de l'exploitation des données scientifiques, sous l'autorité du responsable scientifique de l'opération, dans le délai fixé par le contrat ou par le préfet de région.

Le préfet de région vérifie la conformité du rapport aux normes mentionnées à l'article R. 546-4 et fait procéder à son évaluation scientifique par la commission territoriale de la recherche archéologique. Il informe de cette conformité l'aménageur, l'opérateur, le responsable de l'opération ou le titulaire de l'autorisation de l'opération programmée et leur adresse, le cas échéant, des recommandations en vue de l'exploitation scientifique du rapport. Le préfet de région transmet le rapport sous format numérique à la collectivité territoriale disposant d'un service archéologique sur le territoire de laquelle l'opération a été en tout ou partie réalisée.

Lorsque le rapport est remis dans le cadre d'une opération préventive, le préfet de région transmet également le rapport sous format numérique à l'aménageur, à l'Institut national de recherches archéologiques préventives s'il n'est pas l'opérateur et au service public d'archives départementales.