La prise en considération des avant-projets des travaux de construction, d'extension et de modernisation et l'autorisation de ces travaux font l'objet de décisions du ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration. Toutefois, pour les travaux définis à l'article L. 5313-9, le conseil d'administration demeure compétent dans les conditions fixées à cet article.
Lorsqu'il y a lieu à instruction, celle-ci se déroule conformément à l'article R. 5313-66.

La décision du ministre prenant en considération l'avant-projet indique s'il y a lieu ou non de procéder à instruction et, dans la négative, s'il y a lieu ou non à consultation de la commission permanente d'enquête.

L'instruction est effectuée à la diligence du directeur du port.

Le dossier d'instruction comporte l'étude d'impact prévue par les articles R. 122-1 et suivants du code de l'environnement, lorsque celle-ci est requise en application de l'article R. 122-2 du même code.
Il comporte également l'évaluation mentionnée à l'article R. 1511-7, lorsque les travaux constituent un grand projet d'infrastructures tel que défini à l'article R. 1511-3.
En outre, lorsqu'il y a lieu, le dossier :
1° Mentionne la ou les rubriques de la nomenclature, annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement, dont relèvent les travaux ;
2° Comporte le document prévu par l'article R. 214-6 ou l'article R. 214-35 du code de l'environnement. Lorsque l'étude d'impact fournit les informations requises, elle tient lieu de ce document.

L'instruction, menée par le directeur du port autonome, comprend, outre la consultation du conseil d'administration, les formalités suivantes effectuées simultanément :
1° Consultation de la commission permanente d'enquête ;
2° Consultation des collectivités et des services locaux intéressés ;
3° Consultation de la ou des chambres de commerce et d'industrie territoriales concernées ;
4° Consultation, s'il y a lieu, de la commission nautique dont les conditions de fonctionnement sont fixées par le décret n° 86-606 du 14 mars 1986 relatif aux commissions nautiques. La grande commission nautique est consultée sur les opérations comportant une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès. La commission nautique locale est consultée dans les autres cas ;
5° Consultation, s'il y a lieu, de la commission régionale pour l'amélioration des conditions de débarquement des produits de la pêche ;
6° S'il y a lieu, l'enquête publique prévue par les articles R. 123-1 et suivants du code de l'environnement.
Dans le cas où les travaux envisagés sont soumis aux procédures prévues par les articles R. 214-6 à R. 214-56 du code de l'environnement, l'instruction est menée simultanément avec celle prévue par l'article R. 214-6 du code de l'environnement.

Le délai imparti aux collectivités, établissements publics, commissions et services consultés en application des 1°, 2°, 3° et 4° de l'article R. 5313-66 pour faire connaître leur avis est de deux mois à compter du jour où ils y sont invités. L'absence de réponse dans ce délai vaut avis favorable.

En cas d'expropriation pour cause d'utilité publique, il est procédé simultanément à l'instruction prévue à l'article R. 5313-66 et à l'enquête publique prescrite pour les enquêtes préalables à une déclaration d'utilité publique régies par le titre Ier du livre Ier du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique.