L'instruction, menée par le directeur du port autonome, comprend, outre la consultation du conseil d'administration, les formalités suivantes effectuées simultanément :

1° Consultation de la commission permanente d'enquête ;

2° Consultation des collectivités et des services locaux intéressés ;

3° Consultation de la ou des chambres de commerce et d'industrie territoriales concernées ;

4° Consultation, s'il y a lieu, de la commission nautique dont les conditions de fonctionnement sont fixées par le décret n° 86-606 du 14 mars 1986 relatif aux commissions nautiques. La grande commission nautique est consultée sur les opérations comportant une modification des ouvrages extérieurs du port ou des chenaux d'accès. La commission nautique locale est consultée dans les autres cas ;

5° Consultation, s'il y a lieu, de la commission régionale pour l'amélioration des conditions de débarquement des produits de la pêche ;

6° S'il y a lieu, l'enquête publique prévue par les articles R. 123-1 et suivants du code de l'environnement.

Dans le cas où les travaux envisagés sont soumis aux procédures prévues par les articles R. 214-6 à R. 214-56 du code de l'environnement, l'instruction est menée simultanément avec celle prévue par l'article R. 214-6 du code de l'environnement.