Les membres de la mission interministérielle d'enquête, instituée par l'article 1er de la loi n° 91-3 du 3 janvier 1991 modifiée relative à la transparence et à la régularité des procédures de marchés et soumettant la passation de certains contrats à des règles de publicité et de mise en concurrence, sont désignés pour une période de quatre ans renouvelable.
Le secrétariat de la mission interministérielle d'enquête est assuré par la direction chargée des affaires juridiques du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie.
Le chef de la mission interministérielle organise et dirige les travaux de la mission. Il désigne, parmi les membres de la mission, les enquêteurs chargés des affaires.

L'enquête relative à un marché présentant, en tout ou en partie, un caractère secret relatif à la défense nationale ne peut être confiée qu'à un enquêteur préalablement habilité à connaître des informations protégées par les textes relatifs aux secrets de défense.

Les auditions et visites auxquelles procèdent le ou les membres de la mission chargés d'une enquête en application de l'article 2 de la loi du 3 janvier 1991 susmentionnée donnent lieu à un compte rendu énonçant la nature, la date et le lieu des constatations ou contrôles effectués. Le compte rendu est signé de l'enquêteur et de la personne concernée par les investigations. En cas de refus de celle-ci, mention en est faite au compte rendu.

Le représentant légal de la collectivité territoriale, de l'établissement public local ou de la société d'économie mixte locale concerné par l'enquête dispose d'un délai de quinze jours à compter de la notification du rapport établi par la mission interministérielle pour faire connaître ses observations éventuelles. Passé ce délai, le rapport peut être transmis au préfet.
Le rapport d'enquête est adressé aux autorités administratives qui ont demandé l'enquête ainsi qu'au Premier ministre et, le cas échéant, au procureur de la République, conformément aux dispositions de l'article 40 du code de procédure pénale.
La mission interministérielle d'enquête peut, même après l'envoi de son rapport, être consultée par les diverses autorités administratives compétentes sur les suites à lui donner et sur toutes les questions se rapportant à l'exploitation des informations figurant dans le rapport d'enquête et le dossier qui y est joint.

L'enquête diligentée par la mission interministérielle d'enquête instituée par l'article 1er de la loi du 3 janvier 1991 susmentionnée s'effectue sans préjudice des contrôles existants et ne peut empiéter sur les fonctions de direction ou d'exécution des services.

Le chef de mission établit annuellement un rapport d'activité dans lequel il expose les résultats obtenus, les difficultés rencontrées au cours des enquêtes et les points sur lesquels ont été constatées les irrégularités les plus fréquentes ou les plus graves. Il propose les mesures qui seraient de nature à y remédier ou à les atténuer. Il effectue un bilan de la situation par rapport à l'année antérieure. Ce rapport est adressé au Premier ministre, au garde des sceaux, ministre de la justice, et au ministre chargé de l'économie.