Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.
Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées en tant que de besoin par arrêté des ministres chargés de la santé et du budget.

L'agent comptable est nommé par arrêté des ministres chargés de la santé et du budget.
Des agents comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général de l'agence, après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

En application du 3° de l'article L. 793-9, des redevances sont perçues par l'agence lorsque, à la demande de tiers, elle rend les services suivants :
a) L'analyse d'échantillons en vue de la libération des lots de produits immunologiques mentionnés à l'article R. 5135-3, de médicaments dérivés du sang et de substances mentionnées aux articles R. 5135-3-1 et R. 665-37-1.
b) L'élaboration et la diffusion des annales de qualité des laboratoires d'analyse de biologie médicale ;
c) La surveillance ou l'évaluation des expériences préalables à l'agrément des produits et procédés désinfectants mentionné à l'article 3 du décret n° 67-743 du 30 août 1967 portant règlement d'administration publique relatif aux conditions que doivent remplir les procédés, produits et appareils destinés à la désinfection des locaux ;
d) La fourniture de substances de référence de la Pharmacopée française ;
e) Les travaux réalisés en vue de la délivrance d'attestations de qualité destinées aux exportateurs de médicaments.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget fixe les tarifs des redevances mentionnées à l'article R. 793-24.