L'établissement public Campus Condorcet est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exclusion des articles 224 à 226.
L'établissement est assujetti au contrôle budgétaire institué à l'article L. 719-9 du code de l'éducation dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et du budget.

L'agent comptable de l'établissement public Campus Condorcet est nommé, sur proposition du président de l'établissement, par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur, de la recherche et du budget.