La Commission des conservatoires botaniques nationaux est placée auprès du ministre chargé de la protection de la nature. Elle peut émettre des avis et faire des propositions sur l'activité des conservatoires botaniques nationaux et l'organisation générale du réseau.

Elle instruit les demandes d'agrément en qualité de conservatoire botanique national qui lui sont soumises par le ministre, puis rend un avis sur ces demandes.

Elle participe à l'élaboration du cahier des charges des conservatoires botaniques nationaux et, à la demande du ministre chargé de la protection de la nature, en vérifie l'application.