Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, l'Institut national de la recherche pédagogique est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.

Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.