La mission débute à l'heure de départ de la résidence administrative et se termine à l'heure de retour dans cette même résidence. Le lieu de mission est utilisé pour le calcul de l'indemnité de nuitée.

Lorsque l'agent se trouve en mission en dehors de ses résidences familiale et administrative pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures, les frais et taxes d'hébergement peuvent donner lieu à remboursement au forfait, sur présentation d'un justificatif de paiement de l'hébergement qui peut être transmis de manière dématérialisée et sur la base des taux prévus au a de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission.
Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement ou en l'absence de justificatif de paiement de l'hébergement.

Le chef de service peut autoriser le remplacement de la résidence administrative par la résidence familiale pour tenir compte de certaines situations, soit pour l'aller et le retour, soit pour l'aller, soit pour le retour. Il le précise dans l'ordre de mission.

Dès lors que l'ordre de mission diffère de la commande effectuée auprès de l'un des prestataires visés à l'article 3, les pièces justificatives afférentes aux frais de déplacement temporaire doivent être communiquées par l'agent à l'administration, soit sous format papier, soit sous format dématérialisé.

Les prolongations de séjour à l'initiative de l'agent pour convenance personnelle les week-ends ou pour la prise de congés précédant ou suivant la mission sont déduites de la durée de la mission pour le calcul du montant de l'indemnisation. Les dates et heures de début et de fin de mission donnant lieu à une prise en charge des frais de déplacement par l'administration sont indiquées sur l'ordre de mission. Les frais engagés par l'agent en dehors de la durée de la mission restent à sa charge.

Les justificatifs doivent obligatoirement comporter :

- le nom des agents concernés ;
- les dates du déplacement professionnel ;
- le coût de l'hébergement.

L'agent fait connaître les prestations en nature et les indemnités qu'il reçoit d'un organisme invitant, afin que celles-ci soient déduites des frais de mission pris en charge.

En cas de nécessité de service, l'agent en mission peut se faire rembourser, sur présentation de factures originales, les frais engagés pour la participation à des séminaires ou colloques ou pour des vaccins ou prescriptions médicales obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente ainsi que tout examen biologique de dépistage règlementairement imposé.