Les taux journaliers des indemnités susceptibles d'être attribuées aux agents à l'occasion des missions qu'ils effectuent à l'étranger sont fixés au c de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission.

Pour les déplacements à l'étranger est versée une indemnité de mission journalière forfaitaire, destinée à couvrir les frais de repas et d'hébergement (chambre, petit-déjeuner et éventuelle taxe de séjour).
L'indemnité journalière précitée se décompose comme suit :

- 65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission pendant tout ou partie de la période comprise entre 0 heure et 5 heures, sur présentation du justificatif d'hébergement et si les frais d'hébergement ne sont pas pris en charge dans les conditions prévues à l'article 3 du présent arrêté ;
- 17,5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission pendant toute la période comprise entre 12 heures et 14 heures ;
- 17,5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission pendant toute la période comprise entre 19 heures et 21 heures.

Lorsque l'arrivée et le départ ont lieu le même jour, il est attribué à l'agent 17,5 % de l'indemnité journalière au titre d'un repas. Dans le cas où sa mission serait prolongée au-delà de dix-neuf heures sur le lieu de la mission, il perçoit 17,5 % de l'indemnité journalière au titre d'un repas supplémentaire.

Conformément à l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, lorsqu'un agent est logé et/ou nourri gratuitement, à l'occasion des missions qu'il effectue à l'étranger, l'indemnité journalière fait l'objet d'abattement suivant :
a) Si seul l'hébergement est pris en charge gratuitement, lorsque l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures, l'indemnité journalière forfaitaire versée à l'agent est réduite de 65 % ;
b) Si seuls les repas sont pris en charge gratuitement, lorsque l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 14 heures ou entre 19 heures et 21 heures, l'indemnité journalière forfaitaire versée à l'agent est réduite, par période concernée, de 17,5 % ;
c) Si l'hébergement et les repas sont pris en charge gratuitement, aucune indemnité n'est versée à l'agent.

En cas de nécessité de service, l'agent en mission peut se faire rembourser, sur présentation de factures originales, les frais engagés pour la délivrance d'un passeport, d'un visa, pour participation à des séminaires ou colloques ou pour des vaccins ou prescriptions médicales obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente ainsi que tout examen biologique de dépistage règlementairement imposé.
Il en va de même lorsque l'agent recourt à des prestations d'assurance de voyage notamment pour le rapatriement, l'assistance, les frais médicaux ou la responsabilité civile à l'étranger que la mission soit organisée dans les conditions prévues à l'article 3 ou à l'article 4.

Conformément aux dispositions de l'article 7-1 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, en cas de mission effectuée à l'étranger par le ministre, les membres de son cabinet, ou par toute personne sur autorisation du directeur concerné, les indemnités journalières peuvent être majorées. Elles sont alors calculées sur la base de cinq tiers des taux fixés par l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé.