Chaque commission est présidée par l'autorité auprès de laquelle elle est placée.
En cas d'empêchement, le président désigne, pour le remplacer, un autre représentant de l'administration membre de la commission. Il en est fait mention au procès-verbal de la réunion.

Chaque commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur selon un règlement type. Le règlement intérieur de chaque commission doit être soumis à l'approbation de l'autorité auprès de laquelle est placée la commission.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.

Les commissions consultatives paritaires sont saisies de toute question entrant dans leur compétence par leur président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants du personnel.

Les commissions consultatives paritaires délibèrent valablement lorsque les trois quarts au moins de leurs membres sont présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans le délai de huit jours aux membres des commissions qui siègent alors valablement si la moitié de leurs membres sont présents.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans pouvoir prendre part aux débats. Ils n'ont voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
Le président de la commission peut convoquer des experts à la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel, afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour.
Les experts ne peuvent assister qu'à la partie des débats, à l'exclusion du vote, relative aux questions pour lesquelles leur présence a été demandée.

Les commissions émettent leurs avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.

Les séances des commissions consultatives paritaires ne sont pas publiques.

Toutes facilités doivent être données aux commissions consultatives paritaires par l'administration pour leur permettre de remplir leurs attributions. En outre, communication doit leur être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de ces commissions. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, sans que ce temps puisse excéder deux journées.
Les membres des commissions sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.