Les pouvoirs et attributions dévolus au préfet par les articles R. 1321-6, R. 1321-8 à R. 1321-10 du code de la santé publique sont exercés par le ministre de la défense (direction des affaires juridiques) qui statue après avis de la commission départementale compétente en matière d'environnement, de risques sanitaires et technologiques et, dans les cas définis à l'article R. 1321-11 du code de la santé publique, du Conseil supérieur d'hygiène publique de France.
L'instruction interne des dossiers constitués par les pétitionnaires en vue d'obtenir les autorisations de prélèvements d'eau destinée à la consommation humaine est effectuée par le service de santé des armées en liaison, pour les installations, ouvrages, travaux et activités soumis à autorisation ou à déclaration au titre des articles L. 214-2 et suivants du code de l'environnement et ses textes d'application, avec l'inspection des installations classées de la défense. Le service de santé des armées présente le dossier devant la commission départementale compétente en matière d'environnement, de risques sanitaires et technologiques.

Lorsque toutes ou parties des eaux sont destinées à l'extérieur de l'enceinte relevant du ministre de la défense, le préfet demeure, pour celles-ci, compétent pour l'application des articles R. 1321-6 à R. 1321-10 du code de la santé publique.

Un arrêté préfectoral déclarant d'utilité publique le prélèvement est nécessaire si les périmètres de protection, prévus par l'article L. 1321-2 du code de la santé publique, sortent de l'emprise défense.

L'extension ou la modification d'installations collectives qui ne modifient pas de façon notable les conditions d'autorisation d'utilisation mentionnées à l'article R. 1321-6 du code de la santé publique sont soumises à déclaration auprès du service de santé des armées, avec copie au directeur des affaires juridiques et au chef de l'inspection des installations classées.
Pour les systèmes de production et de distribution autorisés selon les dispositions de l'article 3 du présent arrêté, cette déclaration est effectuée auprès du préfet.