Sans préjudice des dispositions de l'article 2 du décret 5 décembre 2016 susvisé, un protocole est conclu entre l'inspection générale, la direction de l'administration pénitentiaire et la direction de la protection judiciaire de la jeunesse précisant notamment le périmètre et la fréquence des missions de contrôle qu'elles mettent respectivement en œuvre.

Un tel protocole peut, aux mêmes fins, être conclu entre l'inspection générale, le secrétariat général et les autres directions du ministère de la justice.