Lors de chaque scrutin, il est institué une commission de contrôle des opérations électorales qui peut être compétente pour d'autres élections de l'institut se déroulant à la même période. Elle est composée d'un président et de deux assesseurs choisis par celui-ci. Le ministre de la défense désigne le président de la commission ainsi que son suppléant sur proposition du directeur général de l'institut.

La commission de contrôle des opérations électorales exerce les attributions prévues par les articles 6, 14, 17, 22 et 25 du présent arrêté. Les délibérations de la commission de contrôle sont exécutoires.

Tout électeur ainsi que le directeur général de l'institut peut invoquer l'irrégularité ou la nullité des opérations électorales devant le tribunal administratif de Toulouse après avoir préalablement exercé un recours devant la commission de contrôle des opérations électorales.
Le tribunal administratif doit être saisi au plus tard le sixième jour qui suit la décision de cette commission. Il statue dans un délai maximum de deux mois.