Le conseil de fonctionnement de l'Etablissement public national de Wallis et Futuna, prévu à l'article 4 du décret du 30 décembre 2010 susvisé, est présidé par le directeur du lycée agricole ou son représentant. Il comprend, en outre :
1° Un représentant élu des élèves ;
2° Un représentant élu des parents d'élèves ;
3° Deux représentants élus des personnels enseignants, d'éducation et de surveillance ;
4° Un représentant élu des personnels administratifs et de service ou assimilés ;
5° Un maître de stage ;
6° Le responsable de l'exploitation agricole ;
7° Un représentant des salariés des exploitations et des groupements professionnels agricoles ;
8° Un représentant du village de Lavegahau.
Le directeur adjoint, l'agent chargé de la conduite des travaux et de l'exploitation, le gestionnaire, le conseiller d'éducation participent à titre consultatif aux séances lorsqu'ils ne sont pas eux-mêmes élus à un autre titre. Le président peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, toute personne dont le concours paraît utile.
Les représentants de la collectivité territoriale sont tenus informés des réunions du conseil fonctionnement.

Le représentant des élèves, le représentant des parents d'élèves, les représentants des personnels enseignants, d'éducation et de surveillance, le représentant des personnels administratifs et de service sont élus selon les modalités prévues pour chacune de ces catégories aux articles 5, 6, 7 et 8 du présent arrêté.

Le maître de stage est désigné par le directeur du lycée ; le représentant des salariés des exploitations agricoles et des groupements professionnels agricoles est désigné par la chambre territoriale d'agriculture parmi les membres élus du collège concerné. Le représentant du village de Lavegahau est désigné par le conseil municipal de la commune siège.

Pour l'ensemble des membres titulaires, désignés ou élus, des suppléants sont désignés ou élus, en nombre égal, dans les mêmes conditions que les titulaires.

Le conseil de fonctionnement propose le règlement intérieur du lycée et de l'exploitation au conseil d'administration, il examine toutes les questions qui lui sont soumises par son président ou par le conseil d'administration. Il est obligatoirement saisi des questions qui relèvent de l'autonomie pédagogique et éducative.
Il élabore l'avant-projet pédagogique en y associant les équipes pédagogiques. Celles-ci ont pour mission de favoriser la concertation entre les enseignants, en particulier en ce qui concerne la coordination des enseignements, le choix des méthodes pédagogiques, des matériels techniques, des manuels et des supports pédagogiques, le suivi et l'évaluation des élèves, l'organisation du travail des élèves, les relations avec les familles.
Le conseil de fonctionnement peut saisir le directeur du lycée des diverses questions intéressant la vie de la communauté, et notamment de celles relatives à la discipline générale, à la sécurité et à l'hygiène.
Le conseil de fonctionnement crée toutes commissions nécessaires à la vie intérieure de l'établissement, et notamment une commission de la pédagogie et de la vie scolaire et une commission de l'exploitation annexée.