Le service des affaires juridiques comprend :
- la sous-direction du droit des personnels, des établissements sous tutelle et des marchés ;
- la sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations ;
- la mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique ;
- le délégué aux affaires pénales, chargé de la protection des agents publics dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983.

La sous-direction du droit des personnels, des établissements sous tutelle et des marchés exerce les attributions définies à l'article 2-II du décret du 2 juillet 1999 susvisé en ce qui concerne :
- les personnels et l'organisation des services et établissements publics relevant du ministère ;
- les marchés et les contrats engageant les services centraux et déconcentrés relevant du ministère, y compris ceux relevant des missions d'ingénierie publique.

La sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations exerce les attributions définies à l'article 2-II du décret du 2 juillet 1999 susvisé en ce qui concerne :
- la qualité et la sécurité des produits agricoles et des aliments ;
- les politiques sectorielles dans les domaines de l'agriculture, de la sylviculture, des produits de la mer et de l'aquaculture, et notamment les offices ;
- les exploitations, l'aménagement rural et le développement du territoire relevant de la compétence du ministère.

La mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique assure l'enregistrement et le suivi administratif des projets de textes et d'avis transmis au service, ainsi que de l'ensemble des dossiers contentieux du niveau central du ministère.
Elle est chargée de la documentation juridique, de la diffusion des informations juridiques et de l'animation du réseau juridique des services déconcentrés.
Elle est chargée du traitement des contestations liées à l'utilisation des véhicules de service.
Elle est chargée de l'exécution financière des décisions juridictionnelles.