Le secrétariat général comprend :
1. La direction des affaires financières et de la logistique ;
2. Le service des affaires juridiques ;
3. Le service des ressources humaines ;
4. Le service de la modernisation ;
5. La délégation à l'information et à la communication ;
6. Le service central des enquêtes et études statistiques ;
7. La mission des affaires générales.

Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par :

• les fonctionnaires chargés de mission permanente d'inspection interservices qui contribuent à la gestion des ressources humaines participent aux réflexions relatives au fonctionnement et à l'organisation des services et organisent les missions de contrôle et d'évaluation du fonctionnement des services déconcentrés ;
• la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés, assistée d'une mission de gestion de l'encadrement supérieur ;
• l'observatoire des missions et des métiers chargé de suivre les évolutions des missions du ministère et d'en mesurer les conséquences quantitatives et qualitatives sur les métiers actuels ou émergents ;
• le conseil des systèmes d'information chargé d'assurer la cohérence et l'interopérabilité des systèmes d'information utilisés par les directions et les services centraux et déconcentrés du ministère.