Le service des ressources humaines comprend :
- la sous-direction de la gestion des personnels ;
- la sous-direction du développement professionnel et des relations sociales ;
- la mission des systèmes d'information des ressources humaines.

La sous-direction de la gestion des personnels assure la gestion prévisionnelle des emplois. Elle a la responsabilité de l'ensemble des procédures régissant la situation individuelle des agents du ministère. Elle suit au profit des différents secteurs d'activité l'adaptation des compétences et la gestion des carrières. Elle gère le budget du personnel.

La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales anime le dialogue social et les relations collectives du travail. Elle élabore les textes réglementaires, notamment ceux relatifs aux statuts des personnels. Elle est responsable de la politique de formation, de l'action sanitaire et sociale, de l'hygiène et de la sécurité. Elle organise le recrutement des agents, à l'exception des personnels enseignants, et instruit les droits à pension. Elle exerce la tutelle de l'Institut national de formation des personnels du ministère de l'agriculture.

La mission des systèmes d'information des ressources humaines élabore les outils informatiques de gestion de l'ensemble du personnel du ministère.