Le service de la modernisation comprend :
- la sous-direction de la modernisation et des services ;
- la sous-direction des systèmes d'information ;
- la mission du contrôle de gestion ;
- le conseiller à l'orientation de l'ingénierie publique.

La sous-direction de la modernisation et des services est chargée de coordonner l'organisation administrative des services du ministère. Elle conduit les politiques de modernisation et de déconcentration du service public. Elle coordonne la définition des orientations stratégiques des services déconcentrés. Elle assure la répartition des emplois et arrête les dotations de crédits de fonctionnement des services déconcentrés autres que ceux visés à l'alinéa 10 de l'article 3 du décret du 2 juillet 1999 susvisé.
Elle assure le secrétariat de la commission pour la modernisation, la déconcentration et la réforme administrative.
Elle conduit la politique d'appui technique des services déconcentrés du ministère au bénéfice des collectivités territoriales et divers organismes.

La sous-direction des systèmes d'information est chargée de l'organisation et de l'administration des systèmes d'information. Elle élabore le schéma directeur des systèmes d'information et veille à son application. Elle coordonne le développement des applications informatiques, leur exploitation et l'assistance aux utilisateurs, notamment par la mise en oeuvre des compétences et la programmation des investissements.

La mission du contrôle de gestion anime et coordonne la mise en oeuvre du contrôle de gestion au sein du ministère.