La direction des affaires financières et de la logistique comprend :
- la sous-direction des affaires budgétaires ;
- la sous-direction du financement de l'agriculture ;
- la sous-direction de la logistique et du patrimoine ;
- la mission de modernisation financière.

La sous-direction des affaires budgétaires coordonne et contrôle la préparation du budget du ministère, ainsi que la programmation et l'exécution des dépenses.
Elle applique et contrôle les procédures comptables relatives à l'exécution du budget. Elle assure la mise en place des crédits et les rattachements budgétaires, y compris d'origine communautaire. Elle contrôle la gestion des crédits. Elle vérifie et arrête les comptes des ordonnateurs. Elle coordonne les relations avec la Cour des comptes et avec les comptables assignataires.
Elle assure la définition, la réalisation et la mise en oeuvre des systèmes automatisés de traitement de la comptabilité, ainsi que la conception et l'organisation de la formation des personnels à l'utilisation de ces systèmes et à l'application de la réglementation comptable.
Elle assure le suivi financier et approuve les comptes et les budgets des offices d'intervention et des établissements publics rattachés au ministère, à l'exception de ceux relevant de l'enseignement et de la recherche.
Elle étudie les différentes catégories de dépenses publiques bénéficiant à l'agriculture, procède à l'évaluation de leur montant et à l'analyse de leur impact sur le secteur agricole.
Elle coordonne l'analyse de la performance dans le cadre de la mise en oeuvre du budget.

La sous-direction du financement de l'agriculture est chargée de coordonner l'ensemble des interventions financières du ministère.
Elle assure la préparation, la conduite et la mise en oeuvre des interventions en matière de financement bancaire.
Elle est chargée de l'étude et de la conception des systèmes de protection contre les risques et les calamités agricoles.
Elle expertise les questions fiscales intéressant les exploitations et entreprises intervenant dans les secteurs économiques relevant de la compétence du ministère.
Elle exerce la tutelle sur l'assemblée permanente des chambres d'agriculture et détermine les normes nationales qui s'appliquent aux chambres régionales et départementales d'agriculture.
Elle suit l'organisation des élections aux chambres d'agriculture et constate la représentativité des organisations professionnelles agricoles.

La sous-direction de la logistique et du patrimoine est responsable des moyens de fonctionnement et d'équipement des services du ministère. Elle met en oeuvre la politique immobilière. Elle apporte dans ses domaines de compétence un appui aux services déconcentrés.
Elle coordonne l'élaboration et le suivi du programme pluriannuel d'implantation des services du ministère.
Elle coordonne la commande publique du ministère.

La mission de modernisation financière est chargée de la coordination des travaux préparatoires à la mise en oeuvre de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances.