Le major général de la marine fait appliquer la politique générale de la marine par l'intermédiaire de l'état-major de la marine qu'il dirige.

Le major général de la marine est assisté de quatre sous-chefs d'état-major et de deux coordonnateurs centraux.
Les sous-chefs d'état-major sont :
- le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales » ;
- le sous-chef d'état-major « plans et programmes » ;
- le sous-chef d'état-major « ressources humaines » ;
- le sous-chef d'état-major « soutiens et finances ».
Les coordonnateurs centraux sont :
- le coordonnateur pour les affaires nucléaires, la prévention et la protection de l'environnement ;
- le coordonnateur pour les questions internationales.
En cas d'absence ou d'empêchement, le major général de la marine est remplacé par l'un des sous-chefs d'état-major.
Le major général de la marine dispose en outre :
- du délégué aux réserves de la marine, dont les attributions sont fixées par arrêté ;
- d'un médecin des armées, conseiller pour les affaires de santé, placé auprès de lui par la direction centrale du service de santé des armées.

Le major général de la marine, les sous-chefs d'état-major et les coordonnateurs centraux constituent le comité exécutif de la marine (COMEX), instance d'information, de consultation, de préparation des décisions. Les réunions de ce comité sont présidées par le chef d'état-major de la marine ou par le major général de la marine.

Le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales » :

1. S'assure du respect des contrats opérationnels fixés par le chef d'état-major des armées ;

2. Fait établir la doctrine d'emploi des forces aéronavales en cohérence avec les doctrines établies en interarmées, avec l'Union européenne et avec l'Organisation du traité de l'Atlantique Nord ;

3. Définit les conditions et modalités de mise en oeuvre des forces aéronavales à partir des directives des autorités d'emploi et conseille ces autorités pour la planification et la conduite des opérations pour leur volet aéronaval ;

4. Dirige la mise en oeuvre, dans le cadre des directives du chef d'état-major des armées et avec le soutien du coordonnateur central pour les questions internationales, de la participation de la marine à la politique de relations internationales et de coopération militaire du ministère de la défense ;

5. Coordonne l'exploitation des enseignements tirés des opérations et entraînements auxquels la marine participe ;

6. Fixe la composition des forces maritimes et l'implantation des éléments de force maritime ;

7. Fixe la politique relative à l'hydrographie et à la connaissance de l'environnement météorologique et océanographique dans les zones d'opérations aéronavales ;

8. Anime le dialogue de gestion avec le service hydrographique et océanographique de la marine ;

9. Dirige le traitement, en liaison avec les administrations intéressées, des affaires relatives aux actions de l'Etat en mer.
   Le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales » assure en outre les fonctions d'amiral chargé des opérations. Il dispose à cet effet de l'état-major des opérations de la marine.

Le sous-chef d'état-major « plans et programmes » :

1. Prépare l'avenir de la marine et fait mener les études de prospective ;
2. Elabore la politique générale de la marine et propose son organisation générale et son format ;
3. En cohérence avec les directives du chef d'état-major des armées, formule la stratégie militaire générale de la marine ainsi que la stratégie navale et élabore le concept d'emploi des forces maritimes ;
4. Veille à la cohérence globale de la marine à court, moyen et long termes ;
5. Fait établir les propositions de la marine en matière de planification et de programmation de ses moyens et de son format. A cet effet, il fait exprimer les objectifs de la marine en matière de capacités opérationnelles ainsi que les besoins associés, dont il fait élaborer les caractéristiques militaires ;
6. Participe à l'évaluation des ressources financières nécessaires à l'acquisition et à l'évolution des équipements de la marine et fait analyser les résultats obtenus ;
7. Dirige les actions qui relèvent de la marine dans les opérations et programmes d'armement, dans le cadre fixé par le décret du 21 juillet 2005 susvisé ;
8. Assure une fonction de cohérence technico-opérationnelle.
   Le sous-chef d'état-major « plans et programmes » est assisté d'un adjoint et de l'officier de cohérence d'armée de la marine.

Le sous-chef d'état-major « ressources humaines » :

1. Propose, en collaboration avec le sous-chef « plans et programmes », la politique de la marine en matière de ressources humaines ;
2. Fait élaborer les éléments nécessaires à la définition d'une politique de gestion de ces ressources, en particulier en termes d'effectif et de flux ;
3. Définit les besoins et répartit la ressource budgétaire en personnel militaire d'active ou de réserve et en personnel civil ;
4. Pour les budgets opérationnels de programme relevant de la responsabilité de la marine, en liaison avec le sous-chef d'état-major « soutiens et finances », s'assure de la maîtrise du plafond d'emploi et de la masse salariale en adaptant, notamment, la politique des ressources humaines de la marine ;
5. Est le correspondant privilégié des responsables de programmes et éventuellement des responsables de budgets opérationnels de programmes ne relevant pas de la marine pour toute question relative au personnel ;
6. Définit la politique de la condition du personnel ;
7. Anime et coordonne le dialogue social avec les fédérations syndicales représentatives du personnel civil ;
8. Anime le dialogue de gestion avec la direction du personnel militaire de la marine.
   Il est assisté d'un adjoint.
   Le sous-chef d'état-major « ressources humaines » est par ailleurs directeur du personnel militaire de la marine.

Le sous-chef d'état-major « soutiens et finances » :

1. En cohérence avec les directives émises par le chef d'état-major des armées, définit la politique de la marine en matière de soutien des éléments de force maritime dans les domaines techniques, logistiques, du soutien de l'homme et de l'infrastructure. Il en conduit l'exécution ;
2. Fait appliquer les prescriptions relatives à la sécurité nucléaire et met en place les moyens nécessaires ;
3. Fait élaborer la politique et les principes d'organisation administrative des formations ;
4. Fait établir les textes d'application en matière d'organisation et d'administration générale de la marine ;
5. Est chargé des affaires juridiques générales et de réglementation générale intéressant la marine ;
6. Anime le dialogue de gestion avec le service de soutien de la flotte, le service du commissariat de la marine et participe au dialogue de gestion avec la structure intégrée de maintien en condition opérationnelle des matériels aéronautiques du ministère de la défense et avec le service interarmées d'infrastructure ;
7. Fait établir les allocations financières et budgétaires à attribuer aux commandants de force maritime indépendants et aux autorités maritimes à compétence territoriale de la marine ;
8. Dirige les travaux à caractère budgétaire et financier nécessaires à l'établissement des budgets opérationnels de programme relevant de la responsabilité de la marine, en liaison notamment avec le sous-chef d'état-major « ressources humaines » pour ce qui concerne la masse salariale ;
9. Assure la synthèse de l'expression des propositions physico-financières de la marine pour les budgets opérationnels de programme ne relevant pas de la responsabilité de la marine ;
10. Assure la synthèse financière des travaux de mise à jour de la programmation militaire.
    Il est assisté de deux adjoints.

Le sous-chef d'état-major « soutiens et finances » est par ailleurs directeur central du commissariat de la marine.

Le coordonnateur central pour les affaires nucléaires, la prévention et la protection de l'environnement :

1. Détermine la politique générale de la marine dans les domaines de la sécurité nucléaire, de la protection de l'environnement, de la sécurité classique et de l'hygiène, de la sécurité et des conditions de travail. Il en fait conduire l'exécution ;
2. Fait élaborer les textes d'application dans ses domaines d'attributions ;
3. Fait exécuter les actions propres à assurer le fonctionnement efficace de la prévention ;
4. Elabore les principes d'organisation d'ensemble pour maintenir la sûreté nucléaire au niveau défini et pour assurer la surveillance de l'impact des activités de la marine sur l'environnement ;
5. Oriente et suit au niveau central les actions nécessaires relevant de ces domaines.

Le coordonnateur central pour les questions internationales :

1. Coordonne, en accord avec le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales », la conduite des affaires internationales au sein de l'état-major de la marine et veille à la cohérence des actions entreprises dans le domaine des relations internationales par les diverses autorités de la marine ;
2. Au titre des activités de la marine pour le soutien et le contrôle des exportations, est le correspondant désigné des industriels ;
3. Propose les priorités à accorder par la marine aux différents pays ;
4. Propose, en coordination avec les sous-chefs d'état-major « ressources humaines » et « opérations aéronavales », les orientations en matière de personnel affecté ou détaché dans les organisations multinationales, auprès des pays étrangers et dans les sociétés.