Le major général de la marine est assisté de quatre sous-chefs d'état-major et de deux coordonnateurs centraux.
Les sous-chefs d'état-major sont :
- le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales » ;
- le sous-chef d'état-major « plans et programmes » ;
- le sous-chef d'état-major « ressources humaines » ;
- le sous-chef d'état-major « soutiens et finances ».
Les coordonnateurs centraux sont :
- le coordonnateur pour les affaires nucléaires, la prévention et la protection de l'environnement ;
- le coordonnateur pour les questions internationales.
En cas d'absence ou d'empêchement, le major général de la marine est remplacé par l'un des sous-chefs d'état-major.
Le major général de la marine dispose en outre :
- du délégué aux réserves de la marine, dont les attributions sont fixées par arrêté ;
- d'un médecin des armées, conseiller pour les affaires de santé, placé auprès de lui par la direction centrale du service de santé des armées.