Tout déplacement à l'étranger et en outre-mer peut donner lieu à une indemnité de mission destinée à couvrir les frais de repas, les frais d'hébergement, incluant la chambre et le petit déjeuner, ainsi que les frais divers exposés chaque jour par l'agent sur le lieu du séjour.

Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, l'aéroport ou le port de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.

Pour l'application du b et du c de l'article 1er ainsi que de l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, l'indemnité de mission pour les déplacements outre-mer ou à l'étranger est ainsi décomposée :
65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre minuit et 5 heures et sur présentation du justificatif de paiement de l'hébergement ;
17,5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 12 heures et 15 heures ;
17,5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 19 heures et 21 heures.
Par dérogation, à titre exceptionnel, il est possible de rembourser une indemnité de nuitée en dehors de la plage horaire définie au précédent alinéa si l'objet ou le caractère d'urgence de la mission le justifie. Ce remboursement s'effectue après autorisation de l'autorité qui ordonne le déplacement, sur présentation de la facture d'hébergement.
Sur le lieu de séjour, lorsque l'agent bénéficie d'une prestation gratuite, qu'il s'agisse d'hébergement ou de repas, il ne peut prétendre à la fraction correspondante de l'indemnité journalière de mission.

Le recours au voyagiste est obligatoire en ce qui concerne l'hébergement, sauf dérogations prévues à l'article 11 du présent arrêté.
Le taux de l'indemnité de mission due à l'agent est en conséquence réduit de 65 %.
Il est possible de rembourser des frais d'hébergement au-delà du taux de 65 % de l'indemnité journalière après accord de l'autorité qui ordonne le déplacement et sur production du justificatif d'hébergement, dans l'un ou l'autre des cas suivants :

- réservation effectuée par le pays d'accueil pour un congrès, un séminaire ou toute autre manifestation officielle ;
- accompagnement de délégations officielles et de personnalités ;
- risque avéré en termes de sécurité pour l'agent dans le pays.

Les indemnités de repas sont dues à l'agent en mission dans les conditions fixées à l'article 13 du présent arrêté.
Le temps passé à bord des moyens de transport ne donne pas droit à une indemnité de repas, sauf application des exceptions définies à l'article 14 du présent arrêté.

Le temps passé à bord des trains, avions et bateaux dans la tranche horaire définie à l'article 11 du présent arrêté ne peut donner lieu qu'au versement d'une indemnité de petit déjeuner d'un montant forfaitaire de 5 €, si le prix du billet ne comprend pas cette prestation.