Avant l'ouverture du vote électronique, des clés USB sur lesquelles seront téléchargés, pendant la cérémonie de scellement, les fragments de la clé de chiffrement du bureau de vote centralisateur, sont remises au président du bureau de vote électronique centralisateur, puis par celui-ci aux autres membres de ce même bureau.
Chaque détenteur de clé remet à l'administration, à l'issue de la cérémonie de scellement, la clé USB comportant le fragment de clé de chiffrement, dans une enveloppe inviolable fournie par l'administration.
Il appartiendra à la directrice de l'EPA Masse des douanes de conserver cette enveloppe scellée, de manière sécurisée, jusqu'au jour de la clôture des scrutins.

La connexion sécurisée au système de vote peut s'effectuer à partir de tout support électronique connecté à internet, tablette, smartphone, poste informatique et respectant les pré-requis techniques mentionnés dans la notice de vote. Les opérations de vote électronique par internet peuvent être réalisées sur le lieu d'exercice pendant les horaires de service ou à distance. Pour voter par internet, l'électeur, après s'être connecté au système de vote et identifié à l'aide des moyens d'authentification, exprime son vote pour chaque scrutin qui lui est attribué.
Le système de vote génère pour chaque électeur un identifiant et un mot de passe aléatoires. L'identifiant permet à l'électeur de se connecter au site de vote. Chaque vote doit être validé par l'électeur en saisissant son mot de passe. La validation du vote pour chaque scrutin par l'électeur le rend définitif et empêche toute modification. Le bulletin de vote est chiffré sur le poste de l'électeur et stocké dans l'urne en vue du dépouillement sans avoir été déchiffré à aucun moment, même de manière transitoire.
En application du IV de l'article 13 du décret du 26 mai 2011 susvisé, la transmission du vote et l'émargement de l'électeur donnent lieu pour chaque scrutin à la communication, à destination de l'électeur, d'un reçu lui confirmant son vote et qui peut être conservé.

Après l'heure de clôture du scrutin, aucune procédure de vote ne peut être lancée. Toutefois, l'électeur connecté sur le système de vote avant l'heure de clôture peut valablement mener jusqu'à son terme la procédure de vote dans la limite de vingt minutes après la clôture du scrutin fixée à l'article 2.