L'instruction des demandes d'autorisation de prélèvement et d'utilisation d'eau destinée à la consommation humaine, prévue au I de l'article L. 1321-7 du code de la santé publique, est effectuée, sous l'autorité du directeur régional du service de santé des armées, par le vétérinaire des armées territorialement compétent, en liaison, pour les installations, ouvrages, travaux et activités (IOTA) soumis à autorisation ou déclaration, avec l'inspection des installations classées du ministère de la défense (CGA/ IIC).
Le vétérinaire des armées territorialement compétent, après avoir recueilli l'avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques (CoDERST), transmet le dossier au directeur central du service de santé des armées (DCSSA) qui l'adresse au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement accompagné de son avis.
Le directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement signe l'arrêté d'autorisation de prélèvement et d'utilisation des eaux destinées à la consommation humaine au vu de l'avis du directeur central du service de santé des armées (DCSSA).
Le directeur central du service de santé des armées (DCSSA) adresse le dossier de la demande au ministre chargé de la santé qui le transmet pour avis à l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail dans le cas prévu au II de l'article R. 1321-7 du code de la santé publique.

Lorsque tout ou partie des eaux destinées à la consommation humaine sont destinées à l'extérieur de l'emprise relevant du ministre de la défense, le préfet demeure, pour celles-ci, compétent pour l'application des articles R. 1321-6 à R. 1321-12 du code de la santé publique.

Un arrêté préfectoral déclarant d'utilité publique les travaux de prélèvement est pris si les périmètres de protection immédiat et rapproché, prévus par l'article L. 1321-2 du code de la santé publique, est plus large que l'emprise relevant du ministère de la défense.