| Mission | Programme | Responsable du programme |
| Anciens combattants, mémoire et liens avec la nation | 158 - Indemnisation des victimes des persécutions antisémites et des actes de barbarie pendant la Seconde Guerre mondiale | Secrétaire générale du Gouvernement |
| Cohésion des territoires | 162 - Interventions territoriales de l'État | Secrétaire général du ministère de l'intérieur |
| Conseil et contrôle de l'État | 126 - Conseil économique, social et environnemental | Président du Conseil économique, social et environnemental |
| 164 - Cour des comptes et autres juridictions financières | Premier Président de la Cour des comptes |
| 165 - Conseil d'État et autres juridictions administratives | Vice-président du Conseil d'État |
| Direction de l'action du Gouvernement | 129 - Coordination du travail gouvernemental | Secrétaire générale du Gouvernement |
| 308 - Protection des droits et libertés | Secrétaire générale du Gouvernement |
| Ecologie, développement et mobilité durables | 205 - Affaires maritimes, pêche et aquaculture | Directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture |
| Investir pour la France de 2030 | 421 - Soutien des progrès de l'enseignement et de la recherche | Secrétaire général pour l'investissement |
| 422 - Valorisation de la recherche | Secrétaire général pour l'investissement |
| 423 - Accélération de la modernisation des entreprises | Secrétaire général pour l'investissement |
| 424 - Financement des investissements stratégiques | Secrétaire général pour l'investissement |
| 425 - Financement structurel des écosystèmes d'innovation | Secrétaire général pour l'investissement |
Prêts et avances à des particuliers ou à des organismes privés
(compte de concours financiers) | 876 - Prêts octroyés dans le cadre des programmes des investissements d'avenir | Secrétaire général pour l'investissement |
Publications officielles et information administrative
(budget annexe) | 623 - Édition et diffusion | Directrice de l'information légale et administrative |
| 624 - Pilotage et ressources humaines | Directrice de l'information légale et administrative |
| Régimes sociaux et de retraite | 197 - Régimes de retraite et de sécurité sociale des marins | Directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture |
| Solidarité, insertion et égalité des chances | 137 - Égalité entre les femmes et les hommes | Directeur général de la cohésion sociale |