Les locaux de stockage des cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale doivent être construits en matériaux imperméables, résistants aux chocs, faciles à nettoyer et à désinfecter sur toute leur hauteur.
Le sol doit être étanche, résistant au passage des équipements et véhicules permettant le déchargement des cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale et conçu de façon à faciliter l'écoulement des jus d'égouttage et des eaux de nettoyage vers des installations de collecte.
Les locaux doivent être correctement éclairés et permettre une protection des déchets contre les intempéries et la chaleur.

Le stockage avant traitement ne doit pas dépasser 24 heures si les cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale sont entreposés à température ambiante. Pour les installations ne traitant pas par déshydratation, le délai de stockage ne doit pas dépasser 24 heures avant le départ du site.
Ces délais peuvent être allongés si la totalité des cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale est maintenue à une température inférieure à + 7 °C. Dans ce cas et pour les installations traitant par déshydratation, le traitement doit démarrer immédiatement après la sortie de l'enceinte maintenue à cette température.
La capacité de ces locaux doit être compatible avec le délai de traitement et permettre de faire face aux arrêts inopinés.

Dans les établissements traitant par déshydratation les cadavres, déchets ou sous-produits d'origine animale, les molécules odorantes des bâtiments de stockage des cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale avant traitement sur place à une température supérieure à + 7 °C doivent être captées et traitées à l'aide de dispositifs adaptés et efficaces, par exemple par une mise en dépression suivie d'un traitement.

Tous les locaux de stockage des matières premières doivent être maintenus dans un bon état de propreté et font l'objet d'un nettoyage au moins deux fois par semaine. La fréquence de nettoyage est quotidienne pour les locaux de travail (dépouille, broyage...).
L'installation doit disposer d'équipements adéquats pour nettoyer et désinfecter les récipients ou conteneurs dans lesquels les déchets animaux sont réceptionnés, ainsi que les véhicules dans lesquels ils sont transportés.
Les récipients, conteneurs et véhicules utilisés pour le transport des déchets animaux doivent être nettoyés et lavés après chaque usage et désinfectés régulièrement et au minimum une fois par semaine (intérieur et extérieur).
Les roues des véhicules de transport doivent en particulier être désinfectées après chaque utilisation.
La collecte et le transport des cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale doivent être effectués dans des bennes ou conteneurs étanches aux liquides et fermés le temps du transport.

Tout stockage d'un liquide susceptible de créer une pollution des eaux ou du sol et, en particulier, l'unité de stockage des eaux ayant été en contact avec les cadavres, déchets et sous-produits d'origine animale est associé à une capacité de rétention dont le volume est au moins égal à la plus grande des deux valeurs suivantes :
100 % de la capacité du plus grand réservoir ;
50 % de la capacité totale des réservoirs associés.
Cette disposition n'est pas applicable aux bassins de traitement des eaux résiduaires.
Pour le stockage de récipients de capacité unitaire inférieure ou égale à 250 litres, la capacité de rétention est au moins égale à :
- dans le cas de liquides inflammables, à l'exception des lubrifiants, 50 % de la capacité totale des fûts ;
- dans les autres cas, 20 % de la capacité totale des fûts ;
- dans tous les cas, 800 litres minimum ou égale à la capacité totale lorsque celle-là est inférieure à 800 litres.
La capacité de rétention est étanche aux produits qu'elle pourrait contenir et résiste à l'action physique et chimique des fluides. Il en est de même pour son dispositif d'obturation qui est maintenu fermé.
L'étanchéité du ou des réservoirs associés doit pouvoir être contrôlée à tout moment.
Les produits récupérés en cas d'accident ne peuvent être rejetés que dans des conditions conformes au présent arrêté.
Les réservoirs ou récipients contenant des produits incompatibles ne sont pas associés à une même rétention.
Le stockage des liquides inflammables ainsi que des autres produits, toxiques, corrosifs ou dangereux pour l'environnement n'est autorisé sous le niveau du sol que dans des réservoirs en fosse maçonnée, ou assimilés et, pour les liquides inflammables, dans les conditions énoncées ci-dessus.

L'exploitant dispose des documents lui permettant de connaître la nature et les risques des produits dangereux présents dans l'installation ; les fiches de données de sécurité prévues dans le code du travail permettent de satisfaire cette obligation.
A l'intérieur de l'installation classée autorisée, les fûts, réservoirs et autres emballages portent en caractères très lisibles le nom des produits et symboles de danger conformément, s'il y a lieu, à la réglementation relative à l'étiquetage des substances et préparations chimiques dangereuses.