Tous les locaux de stockage des matières premières doivent être maintenus dans un bon état de propreté et font l'objet d'un nettoyage au moins deux fois par semaine. La fréquence de nettoyage est quotidienne pour les locaux de travail (dépouille, broyage ...).
L'installation doit disposer d'équipements adéquats pour nettoyer et désinfecter les récipients ou conteneurs dans lesquels les sous-produits animaux sont réceptionnés, ainsi que les véhicules dans lesquels ils sont transportés.
Les récipients, conteneurs et véhicules utilisés pour le transport des sous-produits animaux doivent être nettoyés et lavés après chaque usage et désinfectés régulièrement et au minimum une fois par semaine (intérieur et extérieur).
Les roues des véhicules de transport doivent en particulier être désinfectées après chaque utilisation.
La collecte et le transport des sous-produits d'origine animale doivent être effectués dans des bennes ou conteneurs étanches aux liquides et fermés le temps du transport.