En vue d'éviter des risques de pollutions accidentelles, il est interdit à toute personne présente sur le site de fumer, d'apporter du feu, des flammes, des objets ou appareils ayant un point d'ignition sous quelque forme que ce soit et de manipuler des liquides inflammables à l'intérieur du magasin de stockage.
Cette interdiction sera affichée de façon très apparente à chaque entrée du site.
Dans le cas de travaux avec points chauds, les mesures suivantes sont prises :
aspiration des poussières dans la zone de travail et nettoyage du matériel avant le début des travaux ;
délivrance d'un permis de feu pour une durée précisée avec fixation de consignes particulières ;
contrôle de la zone d'opération deux heures au moins après la cessation des travaux et dans un délai maximal de 24 heures.

Des appareils respiratoires à cartouche filtrante, des appareils respiratoires isolants, des tubes colorimétriques en vue de mesurer les gaz éventuellement émis lors d'une décomposition devront être disponibles en cas d'accident et accessibles par l'extérieur. La validité devra en être contrôlée au moins tous les six mois.
Les aires de chargement et de déchargement doivent être étanches. Toutes mesures sont prises pour qu'en cas d'écoulement d'engrais, notamment du fait de leur entraînement par des eaux de pluie, de nettoyage ou d'extinction, ces écoulements soient récupérés ou traités afin de prévenir toute pollution des sols, des égouts ou des cours d'eau.
Sans préjudice des dispositions prévues dans l'arrêté du 1er mars 1993 relatif aux prélèvements et à la consommation d'eau ainsi qu'aux rejets de toute nature des installations classées pour la protection de l'environnement soumises à autorisation (Journal officiel du 28 mars 1993), la valeur des eaux résiduaires y compris en cas d'accident en flux de nitrates (exprimée en N0 3) ne devra pas excéder 1 kilogramme par tonne d'engrais manipulé.

Les déchets et résidus produits par les installations sont stockés provisoirement sur une aire étanche et dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention des envols, infiltrations dans le sol, odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement. Les fractions d'engrais contaminés doivent être séparées des autres déchets.
Les déchets industriels seront éliminés dans des installations dûment autorisées à cet effet au titre de la loi du 19 juillet 1976 dans des conditions assurant la protection de l'environnement. L'exploitant sera en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées.

Sur justifications techniques présentées par l'exploitant, et compte tenu des conditions locales, le préfet peut prescrire des mesures alternatives à celles prévues aux articles 5, 6, 14, 15 et 16. Des mesures compensatoires sont justifiées dans l'étude des dangers prévue à l'article 3, alinéa 5, du décret n° 77-1133 du 21 septembre 1977.