Les déchets et résidus produits par les installations sont stockés provisoirement sur une aire étanche et dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention des envols, infiltrations dans le sol, odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement. Les fractions d'engrais contaminés doivent être séparées des autres déchets.
Les déchets industriels seront éliminés dans des installations dûment autorisées à cet effet au titre de la loi du 19 juillet 1976 dans des conditions assurant la protection de l'environnement. L'exploitant sera en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées.