Si le local n'est pas affecté uniquement au stockage d'engrais, les autres matières entreposées dans le local devront être suffisamment éloignées des tas afin qu'aucun mélange ne soit possible.
Sont cependant interdits à l'intérieur du magasin de stockage :
les amas de corps réducteurs (métaux divisés ou facilement oxydables), les produits susceptibles de jouer le rôle d'accélérateurs de décomposition (sels de métaux), les matières combustibles (bois, sciure, carburant ...), les chlorates, les chlorures, les acides, les hypochlorites. Toutefois l'utilisation d'une bâche sera autorisée après le contrôle des températures ;
les substances susceptibles d'aggraver le sinistre (pesticides, céréales, pailles ...), le nitrate d'ammonium technique.
Toutefois en l'absence complète d'engrais, et après nettoyage complet, des céréales pourront être stockées à l'intérieur du magasin de stockage.
Dans le cas où, malgré ces précautions, des fractions d'engrais seraient accidentellement contaminées par des substances combustibles réactives, réductrices, accélératrices, etc., les fractions d'engrais ainsi contaminées ne doivent pas être remises ou laissées sur les tas d'engrais.
Toutefois si nécessaire le chlorure de potassium pourra être stocké à l'intérieur des magasins de stockage. Toutes les mesures devront être prises pour qu'aucun mélange n'ait lieu entre ce chlorure et les engrais simples à base de nitrates et le nitrate de potassium. Ils devront être séparés au minimum par une case ou par un espace de 5 mètres et un mur en béton.

L'engrais doit être protégé contre tout risque de confinement. Les sacs en matière combustible utilisés pour l'emballage devront être stockés à l'extérieur du magasin de stockage, ou dans le local d'ensachage.
Les palettes ne seront en aucun cas utilisées comme séparation pour retenir les engrais. Les palettes seront dans tous les cas éloignées des tas d'engrais et rangées dans un endroit prévu à cet effet.

Les appareils mécaniques (engins de manutention, bandes transporteuses) utilisés à l'intérieur du magasin de stockage pour la manutention d'engrais ne devront présenter aucune zone chaude non protégée susceptible d'entrer en contact avec les engrais (pot d'échappement, ...). Ils seront disposés de façon à ne créer aucune possibilité de mélange de toute matière combustible avec les engrais azotés. Si les tas d'engrais simples à base de nitrates dépassent 5 000 tonnes, les engins de manutention ne devront présenter aucune zone chaude non protégée.
Les engins de manutention doivent être totalement nettoyés avant et après entretien et réparation, et rangés après chaque séance de travail à l'extérieur du magasin de stockage. Les réparations seront effectuées à l'extérieur du magasin de stockage.

Le sol devra être parfaitement nettoyé avant entreposage de l'engrais.
La température de l'engrais solide devra être contrôlée à l'arrivée et consignée dans un cahier tenu à la disposition de l'inspection des installations classées. Il est interdit d'entreposer un engrais dont la température est supérieure à 50 °C, sauf dans les dépôts internes aux usines fabriquant les engrais. Pour le stockage en vrac, l'exploitant s'assurera de l'absence d'impuretés à la réception.

L'engrais ne pourra être conservé dans le magasin de stockage qu'en vrac ou dans des emballages, selon les prescriptions réglementaires d'étiquetage et d'emballage, notamment lorsqu'elles appliquent celles du règlement du transport des matières dangereuses.

Les mesures de sécurité et de prévention sont adaptées au fractionnement. En aucun cas, la masse d'un tas ne doit dépasser 10 000 tonnes. Les tas d'engrais sont séparés les uns des autres par des passages libres d'au moins quatre mètres de largeur ou un mur. Les tas de masse inférieure ou égale à 5 000 tonnes sont séparés les uns des autres par des passages libres d'au moins deux mètres de largeur ou un mur.
Les passages libres éventuels entre les tas devront être soigneusement balayés après chaque séance de travail.
L'engrais devra toujours laisser libres les trente centimètres supérieurs du mur de séparation des tas. Cette limite sera figurée par un trait, toujours visible.
Il sera observé une distance minimale de 1 m entre le haut du tas et la bande transporteuse.

L'état des stocks (volume, emplacement, qualité) doit être mis à jour régulièrement, Ces données doivent être disponibles à l'extérieur à tout instant, en vue notamment d'une transmission immédiate aux services de sécurité.
En dehors des séances de travail, les portes du dépôt (bâtiment ou clôture) sont fermées à clef. Les clefs seront détenues par un préposé responsable.

Les locaux, les canalisations électriques et le matériel sont régulièrement nettoyés de manière à éviter des accumulations de poussières. Les installations électriques, les engins de manutention, les bandes transporteuses et les matériels de sécurité et de secours sont régulièrement vérifiés. Les contrôles doivent être consignés dans un cahier tenu à la disposition de l'inspection des installations classées.